在游戏流程上，至少要解出两种颜色的 Elika 特殊魔法能力（长跳、飞翔、走壁、抓钩），才能清完某一城内的四小区，并开打通往小魔王巢穴的一扇黑门（Black Gate），而每集满一级距阶段的光明种子，再回到生命树神殿时也会触发剧情的进展。在每区关卡的地形上，场景的垂直与水平向度相当地大，较少方正或对称的室内空间，除可以爬跳的柱子与墙面，还有不少光明之神的魔法盘增加了地形复杂度，因此空间感不好的玩家，最好多多使用Elika的导航提示，不然就只能动动您的右类比，从各种角度好好观察一番，看看地形中的困难点要怎么到达。

四种特殊魔法能力的光明种子收集级距为：60、170、340、540

至于《波斯王子》初代以及《时之沙》繁多的限时机关或解谜机关，在这款《波斯王子》里可说是聊备一格，城外的小区关卡没有什么困难地形或机关，顶多只有相当于以前杀人齿轮的黑黏物质（王子要设法闪过，不然会被黑黏物质吞掉，而被 Elika 救回原地），不过到了城内的小区关卡（要解出 Elika 能力才能进入的关卡）地形就会比较难一点点，一些稍微需要动动脑的机关也会出现，例如‘风车’（Windmill）关卡、皇家花园（Royal Gardens）的水池，都需要交互转动两组以上齿轮，才能让王子与 Elika 跳上过关需要的魔法盘，而有些沃土（Fertile Ground）也不是像城外小区那么好到达，不过只要手眼及大脑并用，仔细听 Elika 的提示，就能触发正确的机关了。