尽管粉丝们普遍对原版的《质量效应3》结局不满，BioWare还是坚持不去改变结局，而仅仅是通过扩展剪辑DLC对原结局进行“扩展和澄清”。

不过在扩展剪辑版发布之后，原版故事确实有了或多或少的改变，下面就是其中4个大的方面：

*质量效应中继器被摧毁了……不，等等，是“损坏”了。

原版结局中最具争议的一个方面是在“擎天炉”的冲击下，质量效应中继器被摧毁了。普洛仙留下来的一系列知识说明了这样的爆炸效果相当巨大，不仅会摧毁所有邻近的生命，也会导致所有外星种族被困在太阳系中，缺乏食物而灭绝。

这个情节上的空洞，BioWare的扩展版中是怎么解决的——现在它们仅仅是“损坏”了，而且在“控制结局”（Control ending）中，收割者甚至重建了质量中继器。这样来了个180度的转变，不过说实话，这确实是必要的。

*欢迎来到丛林。现在，我们走吧……

在另一个结局动画中，摧毁质量中继器后，Joker和诺曼底号幸存者一同坠毁在一个远离银河系的丛林星球上。根据原版结局，诺曼底号已经坠毁，进行远距离跃迁的中继器又完蛋了，因此莉亚拉和她的朋友们注定要在这个星球上做一辈子的野人了。

在扩展版中，BioWare增加了一个诺曼底号再次升空的过场。