阿泰尔的革新和蒙古的威胁

在艾尔·慕瓦林死去不久，刺客们为了除去新的圣殿骑士首领Armand Bouchart，他们短暂地把影响力扩张到塞浦路斯并迫使他的部队撤退。

而在12世纪末，兄弟会和圣殿骑士都开始撤退到影子中继续活动，而作为必须的改变，刺客们放弃了他们一直的城堡和建立于艾尔·慕瓦林下的仪式——禁止反对使用毒药和移除无名指使刺客变成残废。

在阿泰尔生命末期，兄弟会曾动员对抗成吉思汗带领的蒙古军队，而在1227年，一个蒙古刺客Qulan Gal成功地从马背射杀成吉思汗（编注：刺客信条小说版的说法是射中成吉思汗的马背，然后成吉思汗掉下马而死），而他的行动引起了蒙古方面的报复行动。在1256年，成吉思汗的孙子忽必烈带领军队攻击兄弟会，并毁灭掉兄弟会在地中海东部大部分的据点。

意大利文化复兴

从15世纪开始，刺客的活动中心从地中海转移到了意大利，当时文艺复兴正从佛罗伦萨开展，而此正正提供了一个非常适合的环境让刺客和圣殿骑士们从新活动。此时圣殿骑士的领导是Rodrigo Borgia，当然他还有另外一个让人更加熟悉的身份，教宗阿历山大六世，他希望获得意大利城邦的控制，而刺客们则与之从他们的大本营蒙特里久尼（Monteriggioni）开始与圣殿骑士的对抗直到1500年，阿历山大六世的儿子凯撒·博吉亚摧毁掉了刺客们的大本营，迫使他们不得不在罗马重新集结。

刺客们被赶走了，但不代表他们因此被战胜，如在迈斯塔夫的刺客们一样，罗马的刺客适应了他们的新环境并制定了新的策略，他们在台伯河岛（Tiber Island）建立了新的藏身处并开始了新的作战。在罗马的时候，刺客的战术也开始进化，他们倾向于赢取人们的支持并用此解放罗马，正因如此，刺客教团从城市中获得了力量，发展商业，寻找革新并在罗马吸纳新的教团成员。

随着凯撒·博吉亚死于1507年，刺客重新从圣殿骑士中掌握了罗马的控制，并使的兄弟会得以在16世纪复兴，不但其成员数目和资源得到提升，而且还改变了他们之后的策略。

二十世纪和以后

随着罗马的解放，刺客的思想也随着社会的改革而改变，因此到了二十世纪末，兄弟会开始更着眼于社会和政治活动而不在是单纯的暴力行为。

然而这种转变过于单薄也难以全面控制，在俄罗斯，该地兄弟会直接帮助了Narodnaya Volya活动，当然了他还有另外一个名字：人民的意志。该组织在19世纪开始活动并意图推翻俄国沙皇政权。他们的成员被烙上了暴力对抗皇室的恐怖分子的旗号，而他们也成功地在1881年刺杀了沙皇阿历山大二世并试图在1888年对其继承者阿历山大三世下手。

兄弟会也与二十世纪的欧洲的历史走势有密切的关联，特别是在1917年的布尔什维克革命和在二战末期刺杀希特勒。

二战之后，刺客开始变成一个个激动人心的例子，作为从帝国主义转到全球化，兄弟会在此做出了改变，圣殿骑士与刺客之间的战争也上升到公开冲突，而他们现在的武器已经从刀剑变成了子弹和报纸。

兄弟会遵从的无暴力社会改变没办法从圣殿骑士的复仇中拯救它，2000年十一月，一个卧底圣殿骑士Daniel Cross潜入兄弟会总部并杀死了兄弟会最高领导人，与此同时，Cross更把刺客用于训练学徒的训练营的位置告知了圣殿骑士。

从2000年11月开始标志着刺客兄弟会终结的开始，而在之后的12年里边，圣殿骑士继续着捕杀分散于各地的刺客们，而他们的未来也变得不可预测；他们的资源和选择也大幅减少，但，无论时代如何变迁，境况如何凄惨，他们依然是圣殿骑士团最强大的敌人……

刺客信条原动力——兄弟会三宗旨与三反讽

阿泰尔藏匿于人群之中

这三个宗旨一直作为关键规则影响着所有刺客兄弟会刺客的行动，并且被包含在刺客的训练里边，一直延伸到现代，这三个宗旨是：

1. 不要去伤害无辜的人

2. 藏身于黑暗之中

3. 永远不要放弃兄弟会

如果刺客的信条是刺客理论的心脏，那这三宗旨则形成了刺客协议的根基，第一条宗旨用于维护兄弟会的荣誉：刺客必须每时每刻都保持克制，只有必要的时候才会选择取别人性命。而第二个宗旨提供力量给兄弟会：一个刺客必须保持时刻头脑精明，隐匿于人群之中。最后一条宗旨确保了兄弟会得以继续生存：一个刺客必须保持正直并永远不要给兄弟会带来伤害。

第一和第二条宗旨让兄弟会把刺客们分散在圣殿骑士身边并为撕开其表面为了和平的虚假面具而斗争，刺客们尊敬人们的力量，刺客从人们之中活动也通过人们来活动，这种关系是共生的。而人们也会在不知不觉中提供给刺客隐藏他们身份的机会，因此，无论何时何地，刺客都应该尊重那些无辜的生命。

严格地遵守着三个宗旨令兄弟会得以长存，而违反这三条宗旨的刺客将会快速地被处理，最后要注意的是，第三条是三条宗旨里边最为重要的，因此对于刺客来说，首先要献身于兄弟会的建设，然后再对兄弟会付出他们的忠诚，这是必不可少的。

三个反讽——THE THREE IRONIES

在兄弟会的刺客努力促进自由和思维的进化的时候，如果兄弟会的政策和方法看上去跟他们的目标背道而驰，此时这三个反讽就出现并用来告诫刺客们不要忘记兄弟会的本质，这里的三条反讽就是由阿泰尔所写：

1．  刺客追寻和平的道路建立在别人的鲜血之下

2．  刺客在解放别人的内心的时候也必须遵从规矩

3．  刺客必须从迷信之中独善其身，才能揭露迷信的危险性

这三条反讽对刺客信条的一种回复，这就如那“万事皆虚，百无禁忌（NOTHING IS TURE; EVERYTHING IS PERMITTED）”，因此，兄弟会的观念和他们训练过程中产生的矛盾并不会使他们动机变得不一致，也不会被视为虚伪。这三条反讽可以视为兄弟会乐意去包容矛盾和悖论。

此外，当刺客进入冥想和沉思的时候，这三条反讽也会是非常有用的观点。这反讽解释了刺客思想中的矛盾和不确定性，并因此防止了狂热的行为或自负。

在近几年，兄弟会开始因为开始把平时的做法更多地变得兼容刺客的思想，而正因如此三个反讽慢慢地退出了历史舞台。到了二十一世纪，兄弟会开始通过无暴力来包容改变，例如更多地鼓励教育。因此，这三个反讽更多地代表着兄弟会所努力去克服的一种挑战。

刺客意志传承者们的天赋——鹰眼（Eagle Vision）

鹰眼是一种用于描述特殊事物的超感官能力，而鹰眼只会有特定血统的人才能拥有，这种技能当其基因觉醒之时能让它的使用者观察到他或她周遭的事物，本能地阅读附近事物和人的意图（发光），同样地，通过鹰眼，使用者还可以看到一些隐形的图案和信息。由于血统限制的特殊性，因此到目前为止，只有阿泰尔，EZIO和继承他们血统的后裔如DESMOND MILES拥有鹰眼此特殊的能力。

鹰眼是天生的，当然其和其他感观机能一样，可以通过各类的练习来增加鹰眼的能力，一开始，该技能会呈现出第二视点一样的效果（全屏幕变蓝），提供其使用者感觉能力并以此瞬间地分辨出他和她的同伴，当然如上边所说，随着各种的练习，该技能能从目标和实际环境两方面进行升级，部分鹰眼使用者能观察到人类无法观察到的痕迹，如指纹，走路轨迹和人类或者动物的生命迹象。另外，鹰眼也会因为使用者的使用时间来增加他的敏感度，一个熟练的使用者不但能够从更宽广的范围观察到更多的信息，而且还能准确地锁定一个目标并预测其将会使用的动作。

鹰眼状态下的阿泰尔的手抄本

鹰眼的觉醒经常会表现得比较不稳定，其有可能会一直处于藏匿状态，也有可能在年轻的时候就觉醒了。这里说一个例子，DESMOND MILES，作为现代的鹰眼血统的继承者，第一次体验到鹰眼能力是因为在Animus装置体验其祖先的记忆，并在体验中激活了他自己的能力。

到目前未知，鹰眼的起源还不是很清晰，由实验体16号所做出的研究猜测这种能力的出现是早起人类和一些更古老，类似先行者的事物杂交之后的结果，虽然所有刺客成员都有解锁该技能的可能性，然而与第一文明有更强烈关联的成员会有更大的机会成功开启鹰眼能力。

阿泰尔的手抄本——THE CODEX

由阿泰尔所写的手抄本，此书是根据作者自己的观察，个人思想和冥想（MEDITATIONS）收集而成。此书由阿泰尔在圣殿骑士的属地塞浦路斯的旅程作为开端，见证了他的生命历程，作为兄弟会的首领并一直到生命最后一天。阿泰尔经常与错与对的思想，与刺客古老的敌人圣殿骑士，与刺客教条的细微差别和与伊甸苹果所揭露给他的真相等作斗争。而此书也带来了作者自己对自己的个人描述和复杂的心理，一个男人专注于兄弟会的原由，而且还有关于他对存在于他知识深处的问题和那不可避免的死亡的担忧。

阿泰尔的手抄本可以说是他自己的私人科技记录册，手抄本里边包含了数个由伊甸的苹果告诉阿泰尔的高级科技和概念设计图表和设计图，这包括了早期的太阳能系统模型（比尼古拉•哥白尼的设计要早几百年），各种刺客科技的设计和一个最早期隐秘手枪（袖枪）的蓝图。另外，阿泰尔把一个世界地图经过加密放进手抄本里边，只有用伊甸的苹果才能显示出秘密。这些秘密信息一直都被刺客兄弟会所藏起来，直到兄弟会的复兴（刺客信条2）。

随着阿泰尔慢慢地走下了历史舞台，阿泰尔的手抄本一度成为蒙古人的战利品，直到马可波罗的出现，他从忽必烈的宫殿里重新拿回了手抄本并把它带到了威尼斯。1321年，圣殿骑士再次出山并造成威胁，马可波罗把手抄本委托给刺客但丁•阿利吉耶里，但不幸的是，当但丁准备把手抄本运到西班牙的时候被圣殿骑士所发现，而但丁也因此被杀害。后来手抄本被但丁的接任人Domenico Auditore（EZIO的祖祖祖父，他也是Auditore家族的建立者）所获得，在圣殿骑士的穷追猛打之下，Domenico把手抄本分散放置在奥特朗托海港和意大利南部以确保圣殿骑士无法获得。

之后的很多年里边，Domenico Auditore的继承者们都尝试过回收手抄本，但由于种种原因，直到EZIO的出现，他在基友达芬奇的帮助下才成功地把所有的30页手抄本全部回收并破解。