两年之后，正当艾吉奥度过他28岁生日那天，他得知圣殿骑士的船从塞浦路斯带回了一个神秘货物。乔装成其中一个护卫，艾吉奥通过追踪包裹，最终在此遇到了Rodrigo Borgia，而且艾吉奥还得知了这次的货物的真面目：伊甸的苹果，根据阿泰尔手抄本的预言，此正是与其中一个“先知”沟通的重要物品。随后艾吉奥与Borgia展开战斗，但这场战斗却被其他的刺客的乱入所打断，Mario，Antonio，Paola，Teodora，La Volpe和Bartolomeo一起出现并保护了苹果的安全，而他们也一一揭开他们的真实身份，并最终在众人和Niccolò Machiavelli的见证下，艾吉奥终于正式成为了兄弟会的一员。

仪式完结后，Machiavelli带着艾吉奥回到佛利城，并希望把伊甸的苹果藏匿于此以便他们的盟友Caterina Sforza对其进行保护，但当艾吉奥到达那里，发现整个佛利城正遭受Checco和Ludovico Orsi兄弟所带领军队的攻击，正当艾吉奥和Machiavelli与军队对抗的时候，Ludovico成功偷取了苹果，逼迫艾吉奥只能去追他，虽然最终艾吉奥还是捉住并杀死了Ludovico，但他也严重受伤并垮掉，而在他晕倒之前，Girolamo Savonarola出现并在他面前夺走了苹果……

不久之后，西班牙兄弟会分支的其中一个刺客Luis de Santángel找到艾吉奥并希望他能帮忙，艾吉奥同意了他的要求并去保护哥伦布（Christoffa Corombo），避免他横越大西洋的航行被圣殿骑士的间谍所终止。与此同时Luis告诉艾吉奥，有一个被圣殿骑士操纵的检察官: Tomás de Torquemada正攻击着西班牙当地刺客。为此，艾吉奥前往西班牙，拯救了数个刺客并最后确保了哥伦布的舰队成功开始了它的旅程。

事情完结后艾吉奥返回意大利继续寻找伊甸的苹果。1497年，他回到了佛罗伦萨，在那里他发现Lorenzo de' Medici已经被Savonarola杀死，而后者更是取代了前者的位置，开始用苹果操纵着民众，而艾吉奥的前恋人Cristina Vespucci和他丈夫他也被Savonarola所操纵的暴民给谋杀。在Machiavelli的帮助下，艾吉奥开始了解放Savonarola所控制的佛罗伦萨的计划。首先刺杀了Savonarola的副官，然后把苹果从他身边夺回来。脱离了苹果的控制人民立刻调转枪头攻击这死僧侣并准备用火活活把他烧死，但艾吉奥给了他一丝仁慈，在他被烈焰触碰前就把他给解决掉了……

顺利拿回苹果之后，刺客们在蒙特里久尼碰头并开始相讨更长远的计划。随着更深入地学习阿泰尔的手抄本，刺客们从手抄本的碎页中拼出了一个世界地图并顺利地通过苹果中找到了更多神秘的地点，在这里他们发现一个位置在罗马西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，Rodrigo Borgia已经提前一步知道这件事，而此时他更是已经获得了教宗阿历山大六世的称号。1499年，刺客们袭击罗马，而艾吉奥则单骑闯入西斯廷教堂独自面对Borgia。最终决战开始，Borgia用同为伊甸的碎片的教宗十字攻击艾吉奥，而他则用苹果的力量予以还击，最终苹果的力量还是更胜一筹，但获胜的艾吉奥并没有杀死Borgia，他把教宗十字与伊甸的苹果拼在一起并顺利打开了地下室的隐藏通道，里边一个自称Minerva的幻影告诉艾吉奥人类在未来将会面临重大的灾难……

带着各种困惑和未知，艾吉奥在1500年回到蒙特里久尼，并告诉他的刺客伙伴们在罗马所发生的一切，Machiavelli对他没有杀死Borgia表示失望并表示他会去完成艾吉奥未完成的工作。而这时Caterina Sforza找到了艾吉奥并想聘用蒙特里久尼的佣兵，他们俩共度春宵，但早上的炮击声把他们从美梦中拉回现实，Rodrigo Borgia派他儿子Cesare来找艾吉奥算账来了。艾吉奥和城里边的佣兵给市民逃生争取了时间，但在此过程中悲剧发生了，Mario被Cesare所杀死，艾吉奥自己则中枪受伤，Caterina被捉，而最重要的苹果更是被夺走了……

为了夺回苹果，艾吉奥马不停蹄地赶向罗马，但过重的伤势令他在路上失去了意识，当他醒来之后他发现他已经在罗马了，他被不知名的人救起并接受着治疗——当然他后来会知道这个不知名的人正是Machiavelli，他联系上了现在刺客的执行领导Machiavelli，而他们则开始攻击Borgia父子的计划，首先，艾吉奥潜入到圣天使城堡并就出了Caterina，然后艾吉奥和Machiavelli开始削弱Borgia父子对罗马的控制：艾吉奥摧毁所有的Borgia塔，征召和训练刺客军团并迅速干掉Cesare的副官，而另一方面，艾吉奥也联系上了他的老朋友达芬奇，此时的达芬奇正在Cesare强迫之下为其制造新的机器。艾吉奥得知位置后去把这些机器全数给毁灭掉。因为这种种的成就，艾吉奥从得到了Machiavelli那得到了刺客导师（Mentor）这个头衔。

时间慢慢推移到1503年，当刺客们已经把Borgia父子削弱到一定程度后，艾吉奥再次杀进圣天使城堡，过程中，艾吉奥无意中看见Cesare正与他父亲争执，Rodrigo企图去毒害他的儿子，但Cesare的姐姐Lucrezia及时警告了他，而他则杀掉了他父亲。因为这个致命的错误，失去了教廷保护的Cesare变回了一个普通人，而下任教宗尤利乌斯二世则将他逮捕。

重新获得苹果的艾吉奥用它来对抗剩余的Borgia军队，并把他们全部赶出了罗马，随后他开始出发去处置遍布意大利各地的Borgia支持者，在过程中他发现Cesare从教廷的监禁中逃出，艾吉奥无法阻止Cesare逃跑，但随后苹果向艾吉奥指引了Cesare的最终目的地：西班牙。苹果告诉艾吉奥，它应该被回去它应该出现的地方，因此艾吉奥把它藏在了罗马斗兽场下的神殿，而它则在那里沉睡了五百年直到某个人的出现……

安置好苹果的艾吉奥与达芬奇和Machiavelli一起追着Cesare到达西班牙，虽然过程中达芬奇回去意大利而Machiavelli则受了严重的伤，但艾吉奥最终还是在瓦雅拉（Viana）找到了他的敌人，这时他正被Navarre国王的部队围剿，在被烈焰保卫的战场中，艾吉奥捉住并最终赐Cesare一死。

随着Borgia父子的死，艾吉奥开始着眼于其他方面的事情，他稳固了刺客在意大利的势力，提升了从西西里岛到威尼斯的沟通方式，并把训练刺客学徒的方式标准化。在1509年，当艾吉奥阅读他叔叔留下的文档和信息之时，艾吉奥发现了一封他父亲的来信，信中，他父亲提及一个隐藏在著名刺客阿泰尔的出生地和家迈斯亚夫的秘密图书馆，出于好奇，艾吉奥在1510年前往迈斯亚夫并寻找此藏书室。

经过十个月的长途跋涉，并第一次经历真正的长途航海体验之后，艾吉奥终于在1511年中到达迈斯亚夫，但意想不到的是，迎接他的是大批的圣殿骑士，经过与圣殿骑士的小规模冲突，逃出，并询问被圣殿骑士劫持的作业工人之后，艾吉奥发现他们的目的其实是一样——寻找进入藏书室的方法。而这时他们也发现了其中一个钥匙正正被藏于位于君士坦丁堡的土耳其皇帝宫殿里边。