支线任务部分和前作一样，必须完成的强制性主线与可自由选择的各种支线应有尽有。除此之外，在自由行动日与队友一同进行旧校舍的探索也是个不错的选择。

另一个要提到的就是“特别实习”，黎恩与其他队友们将被分成2组，在日本各地完成不同的委托才能通关。在各地实习的过程中，主人公们将被卷入各种各样的事件之中。在某种意义上讲，这属于轨迹系列的固定套路。

游戏中还有一个令人印象深刻的要素，那就是在世界各地铺设的铁路交通网。本作中较大城市之间的交通基本上采用铁路，由于连接城市之间的道路会有魔兽出现，通过街道来旅行的市民并不多。

不仅在城市内可以接到任务，在郊外也会有很多委托，在郊外的一些交通要道上，经常会有很多魔兽出现。委托的任务大多是剿灭那些中大型魔兽，其中会有一些敌人非常强力，玩家一定要作好万全的准备。