这个背景设定也影响了人们对“刺客”这一名词的认识。本来，在大多数艺术创作里，刺客都是贬义的代表，躲藏在阴影里，为了杀人而无所不用其极。开始，你也许很难理解《刺客信条》将阿萨辛塑造成英雄的努力，直到剧情逐步展开我们才明白，凭借一己之力对抗那个势力遍布全球、发展近千年的圣殿骑士原来如此艰难和负有责任，那句“万事皆虚，万事皆允” （Nothing is true, everything is permitted.）也就不难理解了：背负如此巨大的责任、面对如此强大的敌人，采取常规手段是绝不可能获胜的，为了全人类的明天，确实要舍弃很多光明，游走于黑暗。这也就是兄弟会建立时，那句“我们行走于黑暗，为的是服务于光明”（We work in the dark, to serve the light.）的由来。这种设定起到的不可思议的效果，就是让玩家堂而皇之地扮演起所谓的邪恶角色来，还感到妙不可言。

至此似乎可以得出一个简单的结论：刺客是好人，圣殿骑士是坏人。确实，圣殿骑士妄图利用外星科技统治世界，刺客们利用自己血统带来的超强能力一直在破坏他们的邪恶计划，这是多么标准的好莱坞风格的划分啊。

谜中之谜

然而，令人欲罢不能的剧作都是真真假假、不可捉摸的，阴谋并不少见，阴谋背后还有阴谋才不多见。《刺客信条——兄弟会》的结尾处，编剧们再次将已经暗流汹涌的阴谋论发挥到了极致：年老的Ezio选择把苹果放在罗马大竞技场（Colosseum）地下的时候，他用鹰眼的能力设置了一个密码，只有他的后裔，比如Desmond，才能在未来真正得到这件宝物。

很明显，外星种族只想让刺客集团——外星人的纯血或混血后裔——使用避难所和神殿，这从16号研究对象提到的“两个世界的孩子”中可以得到佐证。阿萨辛与先行者属于同一个血系，而Altair、Ezio、16号研究对象和Desmond都有鹰眼的能力，他们都应该是亚当的后裔。当Desmond能自由运用这个能力后，他也分辨出了Lucy和Vidic博士分别是刺客和圣殿骑士。

但鹰眼并不是超能力的尽头。当《兄弟会》的结尾出现了Minerva之外的另一位“神”——Juno（朱诺，罗马神话里的神后，朱庇特之妻，即希腊神话中的赫拉）时，她暗示鹰眼还有更大的潜能：“当这个世界破灭的时候，我们试图用血缘把这个传给你们，试图让你们加入我们。你们看见蓝色的闪光，你们听见了预言，但你们并不理解。”如果这就是先行者的预言，他们的“知识”可能涉及到高度开发的心灵感知术，也就是所谓的第六感。看来，鹰眼可能只能提供分辨是不是Minerva亲属的功能，当Juno让Desmond“觉醒第六感”时，她期待隐藏在Desmond体内的原有能力的觉醒，并认为这个能力会将他的未来和她的过去连接起来。

在《兄弟会》的最后，Desmond和他的小团队找到了藏匿苹果的地点。《兄弟会》官方攻略本对这段情节的描述是：在他揭开这个秘密之前，他们迎来了一个没有预料到的背叛。通过苹果，Desmond激活了一个古老的计划——一个由第一文明（First Civilization）构造的宏大梦想。虽然Desmond尽力反抗，但那个古代遗物让时间停止流逝，并强迫他刺杀了Lucy（Lucy是否真的死了，还需要续作的佐证）。这无疑将整个游戏的剧情升级了：圣殿骑士是敌人，但那个曾经奴役过人类的外星种族会不会是更危险的敌人？刺客们是不是成了被这些种族悄然利用的工具？

各种推想

如今要完全解答这些问题尚不可能，最新的一作《兄弟会》只为我们提供了一些似是而非的佐证。

在《兄弟会》中，Ezio夺回了苹果并逃离了西斯廷教堂地下的避难所。Rodrigo消失了，权杖也不可阻挡地被密室里的巨大机器收回。当英雄回到Monteriggioni庄园后，Ezio因没能杀死“西班牙人”而受到马基雅维利的指责。马基雅维利在整个游戏的故事里，一直对此耿耿于怀，其实这是可以理解的，毕竟刺客就该除恶务尽，绝不允许手软。果然，Ezio很快知道了斩草不除根的后果，教皇的儿子Cesare Borgia私自领兵攻打城堡，Mario大叔被杀，Ezio交给叔叔的苹果被Cesare夺去。此时的Ezio距离成为刺客领袖还有一定的距离，真正的刺客是必须做到万事皆允的，怎么能放走可怕的敌人呢？

而在Animus之外，现代的刺客们追寻着Ezio的道路来到Monteriggioni遗迹。被流血效应（Bleeding Effect）形成的“幽灵”指引着，Desmond和Lucy发现了城堡的避难所。他们希望在这里工作不会被Abstergo无所不在的监控系统发现。Desmond进化后的鹰眼发现了一组Ezio留下的密码：1419、1420、1421，显然Ezio最终找回了苹果。Desmond必须回到祖先的时代继续寻找伊甸园碎片藏匿的地点。《兄弟会》的主线就是Ezio对Borgia家族的复仇。当他打败了Borgia父子后，他将夺回的苹果藏在了罗马竞技场的地下避难所，这就是现代的刺客要寻找的隐藏入口。他们在那里找到了Juno的神殿，但是只有Desmond才能听见“先行者”的声音。

在游戏最后，Desmond完成了Minerva和Juno交给他的任务，先于圣殿骑士找到了祖先藏匿金苹果的地点。他在启动苹果后，却被苹果所展示的神秘的影像迷惑了，密室中有无尽的符号在闪烁，玩家在影像中可以依稀分辨出共济会的标志——共济会之眼（Masonic Eye）和弗里吉亚帽（Phrygian Cap），当然还有其它不明的符号，甚至有一行中文小字写着“前事不忘，后事之师”。