盟军取胜后不久，一个有关骇人听闻研究项目的紧急会议召开了，尤里武装了一支心灵技术部队，并且利用心灵控制器企图控制整个星球。在盟军和苏联的战斗如火如荼的进行时，尤里悄无声息的将这些设备安装在世界的各个角落。一旦部署完毕，尤里将激活全部心灵控制器，一旦实现，一个区域接着一个区域，全体人类都将成为尤里控制下的无意识的傀儡。幸运的是，位于旧金山地区的心灵控制器由于断电而布置失败，美国西海岸的人们因而依然具有自由的意志。

爱因斯坦制定了一个可以拯救处在毁灭边缘世界的计划，他建造了一台新的时间机器，将整支盟军军队送回到了过去，在上一场战争结束前，那时尤里军队尚未发展壮大起来。于是，尤里成为了世界公敌，包括他的国家苏联。为了消灭叛徒尤里，苏联甚至同盟军签署了和平协议。

以下访谈的设计师均参与过《红色警报2》的开发工作，Mical Pedriana现任高级音效师，Gavin Simon担任游戏设计师，两个人都是《红色警报3》开发团队的一员。

回顾以往，你们为什么会认为红色警报2的玩家会继续喜欢红色警报3？

Mical Pedriana：过场电影和单位保持了红色警报2色彩艳丽、风格轻松的格调，而且还有更充足的预算。

Gavin Simon：红色警报3延续了红色警报2的快节奏以及主题，同时为游戏框架注入了更丰富、更深厚的元素。最重要的是，这些深度增加的恰到好处。并不复杂的经济系统融合了多种类型的资源，每个单位都具有独一无二的第二技能，使用简单直观，但要想娴熟掌控则很有难度。每个阵营的差异性比以往作品更加显著，这使得游戏的乐趣变得更长久，促使社区像红色警报2时一样异彩纷呈，红色警报3提供了正确的游戏性，但只有玩家们才能让它变得更加伟大。

苏联的失败在所难免，畏缩在克里姆林宫高墙后的高官们，正在商讨战争最终方案或者选择投降，但是苏联的顶级科学家们为他们展示了机密的实验型时间机器。他们立即回到过去，并且计划消除历史上让盟军获得技术优势的那个人：爱因斯坦。在成功实施后，他们又重新回到了现在的时间线，盟军变得虚弱，苏联军队拥有了支配性的力量，但是在苏联人振臂高呼之前，他们意识到自己的行动造成了一个难以预料的后果，他们亲手缔造了一个新的威胁和全球军事强权：旭日帝国。由于盟军被削弱，旭日帝国在过去的几十年间不受约束的高速发展，现在，他们开始入侵苏联！