Aiur的沦陷

Zerg的主力部队在Aiur的时候，刀锋女王在Char搜捕着剩下的Protoss。虽然Aiur抵抗很强烈，Zerg仍然是在这里立足了。领主也把自己搬到了Aiur行星的表面。

作为Protoss的仲裁阶级，法官阶级拥有比其他Protoss都高的权力。他们的统治体制国会，很混乱。战士阶级的领导人， Tassardar仍然在Char行星战斗着。他没有按着国会的命令去消灭被Zerg感染的Terranss。现在，Zerg正在撕裂着Protoss的家园Aiur。

一个新的执行管，Artanis,加入了战斗，在Antioch省取得了不小的胜利。很快，Tassadar向Artanis讲述了在Char的战斗，还有Zeratul和黑暗圣堂们对胜利的巨大帮助。

黑暗吐吸

很久以前，由于拒绝加入Khala,一个在远古时代连接着Protoss的精神连接，黑暗圣堂们被驱逐出Aiur。 许多Protoss认为khala的重建使他们的结束千万年的内战，解救了整个种族。

即使这样，Tassadar仍然和黑暗圣堂一起工作奋斗，对抗Zerg。而国会认为这是一种叛变。Protoss命令他返回Aiur。他则说，会在合适的时候回去。

根据Tassadar的建议，Artanis对Aiur上的部队做了调整。用一小股部队进攻脑囊，并用大部队牵制住Zerg的主力部队。脑囊的死让它的部队很混乱。随着领主对脑囊的复活，这些部队又恢复了正常。只有黑暗圣堂的力量才能对脑囊造成永久的伤害。国会要求Artanis把部队整规到原来的样子。这时的Artanis，又在Scion省取得了胜利。

Tassadar的叛变

鉴于对胜利的信心，国会派遣Artanis带回Tassadar，等待裁决。Artanis向Char进发,却后悔于遵从了国会的意愿。Tassadar同意返回Aiur，不过他要求执行管将Zerarul和其他一些黑暗圣堂解救出来。因为他们被Zerg捆住了。

Artanis同意了。Raynor和他的士兵们也参加了战斗。他们返回了Aiur，计划着对入侵的反击。很不幸，国会拒绝与黑暗圣堂合作。法官阶级开始对Tassadar的忠诚质疑。

为了避免同伴的厮杀，Tassadar决定接受审判。不过，他的盟友把他从监狱中救了出来。最终，他们斩杀了Judicator。

“停手吧，Judicator。只要有黑暗圣堂在，Tassadar不会轻易交给你的。让你的士兵都退下，你给我站好，也许我会考虑让你看到明天的月亮。"——Zeratul

领主之死

国会的举动，放纵了Zerg。Protoss几乎没有军队了。而Zerg好像有数不尽的部队。整个土地都被侵袭了。Zeratul知道了一些更可怕的消息。在刺杀脑囊的时候，他与领主有过精神上的接触，使他知道，Zerg和Protoss都是来自一个古老的种族，Xel'Naga。

另外，领主成长迅猛，渐渐统治了整个Zerg，并且吞噬了这个古老的种族。现在，领主的目标是Protoss。如果它成功的话，那么将没有人能阻止Zerg。

Tassadar召集Protoss，准备进行最后一次袭击。这次攻击距离国会的瓦解还没有太久。他和其他的英雄们面对Zerg的攻击无能为力。孤注一掷，Tassadar召唤出黑暗圣堂的力量，积聚在他的母舰，Gantrithor。“记住我们，执行管。记住我们今天的荣耀。愿神时刻注视着你。”这时他的遗言。接着，伴随Gantrithor爆发出的力量，Tassadar与领主同归于尽了。

“记住我们，执行官。记住我们今天的荣耀。愿神时刻注视着你。”——Tassadar

领主的死，让Aiur又陷入一片混乱。Protoss终于可以喘息一阵子了。虽然大部分的Aiur已经变成了废墟。而Zerg却是无法击退的。在遥远的Char,得知领主的死亡后，Kerrigan开始扩大自己对这些生物的统治。刀锋女王的时刻就要来临。