第十二章：尸体解剖（Autopsy）

接下来要解剖这只巨大的远古生物，乘电梯到上部天桥，分别到两侧操作控制台激活鱼叉，用它拉开生物的肢体，然后走到桑托斯那边进入铁笼，落到生物的躯体里寻找神经簇。看到腔壁上有黄色的节点就是神经簇，用制作的探针枪朝它发射。

神经簇共有九只，全部射一遍会得到桑托斯的进一步提示，需要再朝这九只神经簇射一遍。其间会受到神经流的袭击，它们行动迅捷，建议背靠墙角射击，也可躲到笼子里。完成探测回到铁笼里，不想艾莉和桑托斯已经离开赶往研究所，而诺顿不肯打开笼门，丢下艾萨克跑开了。

用念力旋转操作台上的开关，离开铁笼按原路返往锅炉房方向，在悬崖遭遇到统一教主丹尼克，诺顿、卡沃尔都被他控制住。原来诺顿是丹尼克安插的眼线，目的是找到神印家园的位置。当他准备处决三人的时候，一只巨大的怪物（NEXUS）现身。

巨怪的弱点在腹部，黄色的大肿块，持续朝它射击。当它试图将主角吸进嘴里时，观察它的嘴部周围有四个黄点，它们是另一处弱点，要将它们全部打成红色，这样它就会放弃吸附。这只巨怪会用触须攻击，用翻滚躲避。　他还会朝地上排出一些黄色的卵，在生出小怪前射爆它们。

将巨怪嘴部的弱点全部打红后，让它将主角吸进腹中，胃壁上有三只生物，每只上面有三个弱点，全部摧毁从它的胃里冲出来。接下来与诺顿发生争执，主角一枪将之击杀。