熔盐反应堆中的摆放规则与固体裂变反应堆一样，但是由于反应堆使用流体燃料，而熔盐裂变容器与冷却剂加热器为管道系统，所以内部元件要尽量摆放成柱体。

可以使用核电模拟器来设计反应堆：

这里需要记下几个数值：底部的Base power，还有左侧Stats中的Fuel cells、Coping、Heat mpt（滚动条拉到最下面），因此：

熔盐反应堆产热=基础能量(Basepower)*裂变容器数量(Fuelcells)*热量倍率(Heatmpt)
熔盐反应堆冷却速率=冷却速率(Coping)*4

熔融核燃料的基础热量等于对应的固体低密度燃料的基础能量；

冷却剂的冷却速率为固体裂变反应堆冷却元件的4倍。

由于熔盐堆靠纯热量发电，所以在燃料效率大于1的情况下，熔盐堆比固体裂变堆更具优势：

由此可见，在冷却能力足够的情况下裂变容器应该尽量互相紧贴。