首先解释下在《尼尔?机械纪元》中登场的名词。由于资料集还未发售，[]内为猜测。

人类

在这里指的人类，意指拥有灵魂与肉身的人。

由于2003年的白盐化症候群，人类走向了不可挽回的毁灭。为了对抗白盐化症候群，人类的对策是实施《灵魂体计划》，进入沉睡等待世界被净化的一天。但是由于在NR中所发生的事情，灵魂体计划完全失败。以至于到4200年为止，人类彻底灭绝。在《尼尔?机械纪元》中虽然称人类逃亡了月球，但事实那是人造人为了掩盖人类灭绝的真相做的事后掩盖。

所以，在整个系列中大致可分为三种情况存在：其一为没有长病的普通人类;其二为通过吃药抵抗白盐化症候群的人;其三通过灵魂体计划，最后又回到肉身的人。其他人类要么凶暴化，要么白盐化，要么变为灵魂体后失去自我崩坏化。

白盐化症候群

所有事件的元凶。如果感染，就会发生全身白盐化而死亡，死亡率高达100%。源头来自2003年插于东京铁塔上红龙尸体的魔素。实际魔素是神的诅咒，如果感染就会强制与神缔结“将人类灭亡”的契约，如果不顺从契约就会发生白盐化症候群。

凶暴化人类

如果感染白盐化症候群而且顺从神的契约，就会变为凶暴化人类。其中拥有领导机能的特殊个体被称为红眼。

人类与凶暴化人类的战斗在3287年由人类一侧完全胜利。

灵魂体计划

始于2014年的拯救人类的计划。

为了抵抗从死亡率100%的白盐化症候群，将人类灵魂与肉体分离，让灵魂体进入沉睡之中，等待数千年之后世界没有白盐化症候群的时候再醒来。同时为了延续肉体，创建了复制体系统来制造复制体，复制体是与灵魂体一对一呼应，拥有灵魂体完整遗传信息的肉体，只是没有生殖能力，就算死亡也可以被再次合成出来。负责监视复制体的就是提波儿与波波儿双子人造人。

灵魂体计划的最终阶段是通过使用“黑之书”与“白之书”融合而产生的巨大能量，从而使灵魂体强制返回复制体之中。但是由于尼尔(复)的阻扰，两本书都被消灭，灵魂体计划也就随之失败。

次时代保存计划准备委员会

随着3361年原种灵魂体的消失，灵魂体们的崩坏在不停加速。虽然头体的记录化与DNA采取也在进行，但是完全没有进展。

灵魂体计划的替代品的对策与开发都被移交给了“次时代保存计划准备委员会”，同时，包括灵魂体计划与灵魂体委员会与新型人造人的开发计划也都被同时移交。

白之书，黑之书

将灵魂体灌入书一样的容器，从而制造的总计13本书的系统。通过启动白之书与黑之书，强制让灵魂体回归复制体的计划被称为“黑之书计划”，白之书作为黑之书的启动确认，而白之书需要“封印的章节”来启动。

魔法

利用魔素，可以无中生有的技术，使用者必须是拥有红龙尸体的培养组织的灵魂体。

多元世界

从红龙尸体的研究确认的多元世界，魔素，魔法，白之书，黑之书，灵魂体化技术，都是围绕此产生。

灵魂体

为了逃避白盐化症候群，将人类的灵魂从肉体中抽出，其形态被称为灵魂体。大多数的灵魂体都被存放于称为“石之神殿”的地方。

灵魂体照射到阳光也会自然消失。

崩坏体

灵魂体在一定时间之后很容易变为崩坏体。崩坏体再经过一定时间就会死亡。为了防止死亡，只有从原种灵魂体中抽取魔素加以补充。崩坏体的原因复制体的扩张与灵魂体的不稳定，复制体反过来影响灵魂体也是灵魂体计划始料不及的。

黑文病

灵魂体变为崩坏体时候，对应的复制体身上浮现的黑色文字从而导致复制体死亡。

原种灵魂体

变为灵魂体后也不会失去自我变的崩坏的稳定个体。在NR中只有尼尔(灵)一人如此。

由于尼尔(灵)的死亡，人类的灭亡不可避免。

尤露哈计划

4200年人类灭亡后，人类的遗传基因信息保存在了月球，随后人类已经灭亡的传闻在人造人之间传播。作为人造人的创造主人类如同神一般的存在，人造人也是为了守护人类而存在，失去人类的人造人如同失去的生存价值一般后果不堪想象。为了事后掩盖这一真相，就是尤露哈计划的真正目的。

尤露哈计划分为三级保密措施：对一般人和尤露哈士兵来说，尤露哈计划是打倒外星人与机械生命体代替月球上的人类抢回地球。对尤露哈司令官以及自己发现真相的9S来说知道一部分的真相，月球上的人类其实并不存在，伪装月球上有人类，让人造人相信人类都在月球上，整个尤露哈计划仅仅是为了鼓励人造人士气，塑造人造人生存下去的目标。而尤露哈真实计划目的也确实包含了司令官与9S知道的那一部分，只不过还多了一部分：最终目标连尤露哈自身都要抛弃，抹掉一切，只剩下月球上有人类这一谎言。

作为尤露哈的最终阶段，尤露哈部队的卫星基地会打开系统后门，任由机械生命体网络攻击，从而消灭一切。

人造人

最初作为管理复制投系统与监视复制体而被创造出来的人工生命。在NR中是旧东京管理区域的提波儿与波波儿，此时的双子姐妹还是拥有与人类接近的血肉之躯，但是在《尼尔?机械纪元》的型号则为完全的机械之躯，但两者相同的都是拥有AI人工智慧。

基本为外表是人工皮肤，里面是机械，搭载AI人工智慧，拥有独自的意识却被禁止拥有感情的存在。在人类灭绝之后，人造人主要摸索复活人类的方法以及与外星人战斗。

尤露哈型人造人

《尼尔?机械纪元》中出现的机型，躯体与一般人造人相同，但是核心不是AI人工智慧，而是黑盒子，其实质为机械生命体的核心。如此构造的原因在于，尤露哈计划的最终阶段是舍弃所有相关机体，所以采用AI人工智慧有违人道。

黑盒子

尤露哈型人造人的核心，实为机械生命体核心的改造物，所以尤露哈型人造人与机械生命体可以说是同一物种。

尤露哈A2与E型

A2是作为尤露哈第一次降下作战的实验机体，虽然模拟测试阶段成绩平平，但是最终却是唯一生存的机体。经过分析发现A2的个人资料在极限状况下极为优秀。把A2的个人资料安装在E型体内也是计划之中的事。

机械生命体

被从宇宙来袭的外星人创造的拥有生命的机械。因为过度自我进化，反而将创造主外星人毁灭。

虽然拥有共同的网络，但也有主动切断与网络连接，而实现各自目标的特殊个体。

机械生命体的核心

机械生命体的核心拥有接近植物细胞一样的构造。[猜测是保有人类灵魂的笼子，原种灵魂体崩坏后的救济措施]

N2

从崩坏后的塔中收集的资料中发现了许多关于机械生命体与外星人的资料，其中就有机械生命体网络，以及指挥机械生命体网络的存在，代号N2，俗称“红色少女”。

机械生命体的目的是“打倒敌人”，为了这一目标而“敌人必须存在”，为了维持这一目标，当前的敌人人造人不能被打倒，这就充满了矛盾。因为这个矛盾的存在，机械生命体的网络出现了错误，而机械生命体发生了多样性进化。

另一方面，为了修复这个错误，机械生命体网络从周围读取信息以反复纠正，结果是变为了新的网络。在这个新的网络最终形成的阶段，读取了保存在量子服务器中某个人的记录作为核心。这个量子服务器作为灵魂体计划有关服务器，保存着想当重要人物的记录，但是关于其名字之类的记录现在无法核实。获得了此人物信息的新的机械生命体网络自称为N2。

外星人

5012年由宇宙突然攻击地球的外星生物。《尼尔?机械纪元》中的伊娃称之为构造像植物一样简单的生物。而根据机械生命体110-B的记录，外星人确实来自外星，只是为了占领一个个星球，目的非常单纯，之间也相当团结。

创造了服从自己的兵器机械生命体，却反被消灭。

塔

机械生命体网络N2所制作的巨大白色建筑物。拥有256层，可以回收机械生命体与人造人作为可利用资源。其目标是收集信息，回收资源，将月球上的人类的服务器消灭，将人造人的卫星基地摧毁。但是最终因为N2改变目的，而变为射向宇宙的方舟。

神树

NR中存在于神话森林之中的巨树。通过“语言”支配神话森林中居民的意识。

根据NR设定集中所说，其真正的面目是由魔素作为动力而运行的巨大网络的终端。由于长期的积累人类的记忆而获得自我。

本来是作为灵魂体计划万一失败用来消灭复制体的东西，但是因为获得了自我意识，独断“世界就该自我终结”这样的结论。

最终经由安妮之手破坏，和塔在一定程度上类似。

机械人

在NR中就有登场的双足机械人，由被称为“机械人山”的废工厂生产。机械人是神树作为灵魂体计划失败后，消灭复制人而开发。

机械人形

从神树出生，由铁和植物等原料构成，与人类同样构造。在资料集中当安妮与神树对峙时候，神树复制了安妮并袭击安妮。

假面之街

在NR中有所登场，位于沙漠的王族之街。穿着独特的假面，遵守数以千万的“规定”是其文化特征。

《尼尔?机械纪元》无论是支线任务“沙之遗产”还是特殊道具石板，都指明了两者是同一处。

东京

NR的故事发生在东京，《尼尔?机械纪元》也发生在东京，在废墟都市某辆车旁边可以发现一张东京的超速罚单，肇事者是制作人齐藤阳介。商业设施的广告纸也指明了这就是曾经的东京商场。同样水没都市也能发现《名古屋日报》。

安可儿

《尼尔?机械纪元》中是安可儿武器店的广告单，创业者是安可儿无误。

安可儿作为哈默尔恩机关的多元世界观测者，在本游戏中并没有登场。

尤娜

作为灵魂体的尤娜，在NR最终结局发生之前的治疗记录。

哈默尔恩/世界净化机关

本作中并没有直接登场，但是可以隐隐感觉到存在。在《尼尔?机械纪元》中“机械生命体研究报告书”的最后，报告者嘉卡斯所咒骂的对象就为“制作尤露哈计划的混蛋们”。

原种灵魂体的管理、崩坏体尤娜的冻结，都是由哈默尔恩负责。提波儿与波波儿的处罚与处理也是由此势力确定与执行。