这份年表涵盖了2003年～11945年，而NR的故事开始于2053年，但是游戏内除了短暂的开头交代了下2053年一个事件后，直接跳转到了3465年(XB版本设定是3361年，并无影响)。因此我们在回顾NR的故事之前先回顾下年表。

～2004年～

从异世界而来称为“始祖”一样的存在的「白盐化症候群」疾病，通过空气传播在世界中扩散。感染此病的人，要么凶暴化，要么变为盐桩100%致死。虽然此时病因还未查明，但已基本确认两者有着必然的联系。同时日本政府迁移，国会和皇室却未迁移。虽然此段时间政府对病因进行了研究却没实质进展，随着军队与警察的驱逐，凶暴化的人类也逐渐减少。

为了控制一步步严重化的事态，新宿从交通停运到封锁道路，最终政府建起了「耶利哥之壁」在物理上封锁新宿。有人冒险闯入新宿拍下了出现白色巨大生物的影像，卫星图片也显示新宿有未经确认的黑点。

红龙尸体在此期间也发生了抢夺事件，虽然通过军队平息了此事，但有传闻背后是北美等国家操纵。

～2008年～

耶利哥之壁被从内部被破坏，破坏的原因虽然未经具体确认，但确认了声音与2003年6月12日白色巨人首次出现在新宿时的巨人发出的声音一样。由于感染地区从新宿扩大为关东圈的，，日本政府包括皇室在内全部迁往南部的九州。

红龙尸体及其研究所也被转移，但未表明转移地点，一般认为是美国。

凶暴化的人类之中出现了具有领导指挥机能的「红眼」。在红眼的指挥下，人类陷入与凶暴化人类的苦战。

在日本政府无力对抗凶暴化人类之时，迫于世界其他政府压力，与美国签订了军事协议。由于美国的参入，人类一方暂时占据了优势，美国也因此获得了凶暴化人类尸体用于军事研究，但研究也未能发现有效对抗的手段。最终日本与美国决定对新宿实施核打击，核打击的结果是使新宿变为「零点区域」，日本全国其他地区也相继实施核打击，日本国内的凶暴化人类与红眼全部死亡。人类与凶暴化人类的战斗暂时告一段落。

～2010年～

本该被已经消灭的凶暴化人类再次出现在世界各地，随后红眼也被确认仍然存在，世界陷入恐慌之中。

基于红龙尸体的研究，确认了平行宇宙学说，也就是其他多元世界的存在得到证实。2003年的巨人带来了来自异世界的粒子「魔素」，魔素是在不同世界中保存、传递能量的粒子，也就是《尼尔?机械纪元》曾提到的「魔素」。而白盐化症候群就是因为魔素，感染可以通过空气传播。同时研究也发现之前的核攻击无法消灭魔素，反而将魔素传播向全世界。(实施上魔素并非感染，而是来自神的诅咒，同意成为神的仆人将人类导向毁灭，或不同意则会发生白盐化变为盐桩，从而导致100%的死亡，但在此时尚未解明)

红龙尸体研究所被攻击，红龙尸体彻底下落不明。

基于魔素的研究，人类发现了抽出灵魂的方法，作为人类对抗白盐化症候群的最终手段，此计划命名为「灵魂体计划」。同时让灵魂返回原本人类肉体的实验也成功了。

基于对魔素的研究，发展出了吸取其他世界的能力，无中生有的技术，也就是魔法，在《尼尔?机械纪元》的艾米尔一战中协作机器人曾提到过的魔法即为此种技术。但是运用此种技术，必须是拥有龙的培养组织，也就是拥有龙的肉身的灵魂体。

虽然想利用灵魂体对抗凶暴化的人类，但以失败收场，灵魂体技术也受到过多人的反对而基本中止。

～2016年～

能抑制白盐化症候群的药物「萤火素酶」被发明了出来。利用这种药物，人类组织了讨伐凶暴化人类的军队「十字军」与领导机关「哈默尔恩」，因为药物对年轻人尤为有效，所以军队中成员以孩子与青年居多。从此人类展开长期与凶暴化人类的拉锯战。同时世界也因为战斗变得经济和环境更为糟糕，拥有更多孩子的国家则变的更有国际话语权。

国立兵器研究所也在这段时间内成立，研究魔素用于兵器上的可能性，研究所作为最高机密，在政府内部代号为“紫”。

～2025年～

虽然很早就掌握了灵魂体抽离并返回人类肉身的技术，但是肉身的保存问题一直未能解决，因此开发了复制体技术。复制体技术是将灵魂体信息化，以此为基础人工培养出拥有完全一样形态的肉体容器，而复制体并没有生殖能力。复制体技术作为灵魂体计划的重要一环而继续研究。

为了对抗凶暴化人类、即白盐化症候群，在国立兵器研究所上建立了洋馆用于伪装，完成了「实验兵器6号」的基础研究。实验体为艾米尔的姐姐哈露娅，但是启动实验却以失败收场。

～2026年～

在国立兵器研究所的「实验兵器7号」开发并启动成功，出于保密的原因对1～5号进行了废弃处理，而6号遭到封印。6号7号作为对抗白盐化症候群的有效手段被添加加入灵魂体计划。也因为明确了魔素对人体的危害，研究所被大幅削减。

～2030年～

由哈默尔恩机关指挥的第十三次十字军，在耶路撒冷消灭了最后一只红眼，失去了红眼领导的凶暴化人类也不再具有太大的威胁。虽然凶暴化人类的问题暂时得到缓解，但是白盐化症候群仍然在世界上肆虐。

～2032年～

灵魂体计划向公众展示，并且上流社会一部分人已经灵魂体化。在《尼尔?机械纪元》有所补充，一般公众虽然乐观接受此事，但仍然有不少人对此计划还是相当抵触，政府因此也设立了宣传部解决对应问题。

所谓灵魂体计划是创建复制体系统，可以半永久的把人类灵魂体化，并且制造出对应的复制体。所有的复制体的潜意识之中都被设定为拥有两项重要目的：讨伐凶暴化人类与维持复制体系统。作为灵魂体计划的最终阶段，全部人类将灵魂体化，灵魂体化的人类进入沉睡模式，一直等待世界被净化为没有魔素的一天再返回复制体，在此期间世界将被交给复制体，由复制体来清除凶暴化人类与维持系统运作。而实际因为高昂的费用，只有部分人灵魂体化，其他人只能服用药物抵抗白盐化症候群。

同时人类开发了高性能的「人造人」，拥有机械身体构造与AI人工智能，《尼尔?机械纪元》的主角们则是用机械生命体核心代替了AI人工智能。人造人作为复制体系统的管理者，同时负责复制体的循环利用(复制体没有生殖能力)与管理监视，因为复制体拥有与灵魂体完全相同的基因，因此也可能患有各种未知的疾病。可以说整个人类的过去、未来、知识、命运，都被托付给了人造人。而此时的人造人就是与《尼尔?机械纪元》双子姐妹同型号的提波儿与波波儿。

为了达到世界净化这一目的，哈默尔恩机关、人造人、复制体从上而下三层势力关系，不停的重复做两件事：驱逐消灭凶暴化人类，将魔素回收归还进异世界，以达到净化的目的，也就是世界上再没一粒魔素，也就再不会有凶暴化，或者白盐化的可能。(把魔素归还异世界这个伏笔很大，结果也很严重，暂且不表)。

同时，在灵魂体之中出现了失去自我的崩坏体，这也是NR中提到的魔物。

～2033年～

人类向书一样的容器灌入灵魂体，制造出「黑之书」「白之书」等十三本书，当黑之书与白之书同时启动之时，产生的巨大能量可使灵魂体强制返回复制体之中，这也就是「黑之书计划」。白之书作为黑之书的启动确认系统，同时启动白之书又需要收集被称为“封印章节”的部分。

同时开始对崩坏体的研究。

～2034年～

沉睡模式开始运行，灵魂体计划正式启动。

～2039年～

发现了完全成功的例子，也就是说完全灵魂体化的人类。

～2053年～(XB版为2049年)

从这里开始开始涉及NR的故事主线，但是作为伏笔，在游戏中这段并没有交代的十分清晰。

崩坏体话的研究取得了一定的突破，原因被认为是复制体的扩张与灵魂体化的不稳定造成的，因为灵魂体计划最初并没有料想到复制体会反过来影响灵魂体。根据分析，要使灵魂体变的稳定，需要从变为灵魂体后仍然稳定的个体中抽取魔素。

哈默尔恩机关组织为了寻找这种特殊的个体，将黑之书的特殊版本免费提供给穷人们以骗来实验，其中就包括NR的主角尼尔(以下简称尼尔(灵))与其妹妹尤娜(以下简称尤娜(灵))。在实验过程中因为周围的人相继变为崩坏体，出于恐惧兄妹两人从哈默尔恩机关组织逃了出去。但是两人却在新宿遭到了崩坏体的攻击，在危机关头尼尔(灵)选择了灵魂体化，成为了完全成功的灵魂体保有了自我意识，而妹妹灵魂体化却变为了崩坏体。

哈默尔恩机关与尼尔(灵)达成协议，只要尼尔(灵)能持续提供能保持灵魂体稳定的魔素，机关就答应冷冻尤娜，等1000年后世界被净化尤娜就能得救。尼尔(灵)同意了协议，成为了「原种灵魂体」。原种灵魂体相关文字在《尼尔?机械纪元》的灵魂体计划报告书中也有提及。

此时世界中还存在少数人类，如兄妹一样没钱进行灵魂体化而只能吃药对抗白盐化症候群的人。

～2764年～

保持系统运行与回收魔素的复制体们产生了自我意识，并且迅速成长拥有成人般的思维。

～3000年～

所有的复制体都拥有了自我意识，并且这种意识与灵魂体无关。世界文明进化为中世纪，这些都是人造人故意而为，为的是在文明中“饲养”复制体，以等待世界被净化的那一天。

～3276～

随着复制体对世界进行净化，一方面收集魔素，一方面消灭凶暴化人类。一个复制体青年闯入了禁地耶路撒冷，青年的目的是让恋人复活，在尸骨之中恋人复活了，但是拥有一双红色的眼睛，失去自我意识的恋人杀死了青年，红眼再次领导了凶暴化人类。(这次红眼复活和DOD中的“再生之卵”是否有关联有待确认)

～3287年～

得到红眼领导的凶暴化人类再次具有毁灭性的威胁，复制人的世界频临灭亡。

危急关头，由1个人造人和4个复制人组成的团队(人造人是瓦鲁德雷、复制人是凯姆、莱奥纳德、阿里奥修、系尔)消灭了红眼和全部凶暴化人类，并把所有的魔素归还到异世界中，世界被净化完成。

～3288年～

由于世界被净化，作为灵魂体计划的最后一环，灵魂体们从沉睡模式中醒来。但是被已经拥有自我意识的复制体视为妄图夺取自己肉体的「魔物」。但是在人造人支配力量较强的地区，复制体还是听从了指示，部分灵魂体回归到复制体之中，变回了人类。

～3300年～

为了强制实现灵魂体计划，灵魂体们将希望放在了黑之书上。

尼尔(灵)发现就算这样一直提供魔素下去，自己的妹妹尤娜(灵)也并不会得救。

同时即使吸收了尼尔(灵)的魔素，灵魂体们也开始变为崩坏体。

～3465年～(XB版为3361年)

尼尔(灵)为了让尤娜(灵)回归复制体，取得了黑之书。

提波儿与波波儿按照程序设定认定尼尔(灵)为救世主，听从其指令。

在提波儿与波波儿的诱导下，复制体尼尔(以下简称尼尔(复))取得了白之书，并收集“封印章节”。

失去耐心的尼尔(灵)强夺尤娜(复)，打算让自己和妹妹都回归肉体。

～3470年～

在魔王之城，尼尔(灵)与尼尔(复)展开战斗，而《尼尔?机械纪元》就是承接其结局的故事。

～3473年～

尼尔(复)再次被创造，但是旧东京管理区域的记录服务器消失了。

～34XX年～

尤娜(复)因为黑文病死亡。《尼尔?机械纪元》出现了相关记录加以印证。

～34YY年～

由于原种灵魂体的丧失，整体灵魂体崩坏了。

～34ZZ年～

由于复制体系统的停止，最后的复制体死亡了。

～4198年～

人造人摸索复活人类的计划失败，最后一个灵魂体消失，人类灭亡。

一部分复制体的遗传基因信息被保存在月球上的服务器。

～5012年～

外星人入侵。并创造出了机械生命体。

～5204年～

人造人从卫星轨道开始实施地球降下作战。

此后近6000年的时间内，人造人展开了与外星人长期的战斗。

随着机械生命体的进化，机械生命体将外星人灭绝。

人造人为了隐匿人类已经灭绝的事实，伪造了尤露哈计划，并为此设立了尤露哈部队。

～11942年～

高性能人造人“9S”投入实战。

～11945年3月10日～

第243次降下作战。