罗马竞技场密室

哈兰: "该死!他昏过去了!" 威廉: "把他放进Animus里，这是唯一的解决办法。"哈兰: "可这一切都是Animus造成的!"威廉: "我才是专家!照我说的做!"—威廉迈尔斯和哈兰·T·坎宁安讨论如何处理戴斯蒙德的问题。2012年10月。

在结束了Ainmus的进程后，戴斯蒙德和其他人得知了伊甸的苹果被藏在罗马竞技场下。抵达罗马后，小组分开行动，戴斯蒙德穿过废墟到达天坛圣母堂，为其他人开门。随后戴斯蒙德激活了电梯，带他们向下进入了放置苹果的房间。但是，当他接触到放在台座上的伊甸碎片时，他听到了朱诺的声音，说他的DNA已经激活了苹果。朱诺控制了戴斯蒙德的身体，被迫他用袖剑刺向露西的腹部。

戴斯蒙德进入休克状态后，他被威廉·迈尔斯和哈兰·T·坎宁安重新放入Animus。在这段进程间，埃齐奥和莱昂纳多·达芬奇发现了位于罗马的一间较小的密室。埃齐奥的DNA激活了一组留给戴斯蒙德的坐标：43 39 19 N 75 27 42 W。再追溯了更多记忆后，戴斯蒙德的情况恶化，陷入了昏迷状态。

需要额外说明的是，如果在通关前，在圣堂中的时候就进入达芬奇的消失的内容，德斯蒙德会收到来自威廉·迈尔斯通过赫菲斯图斯电子邮件系统发来的邮件，让他对从此系列记忆中获取的重要信息(大神殿的位置)保持沉默，不告诉路西等人，猜测是因为当时路西正在队伍中，其身份并且已经受到了威廉的怀疑。这和上一段讲述德斯蒙德在昏迷后才得到大神殿位置的说法都是游戏的正式剧情，只是互为穿越版本而已。

相比而言，第二种发展过程更符合故事安排，因为在启示录中德斯蒙德醒来后，威廉等人已经身处大神殿所在的美国纽约附近了，显然是在德斯蒙德清醒时就把大神殿的位置告诉了威廉。

探索黑屋“你现在大概是睡在某间医院病房里，流着口水，一言不发。暂时而言，Animus 还在保持你的完整，以免你的祖先混成一团乱麻。不过你要是找不到 synch-nexus 的话，所有这些人格就会撞到一起，那可就不太好看了” ——克莱在描述戴斯蒙德的精神状态。因接触苹果和露西事件之故，戴斯蒙德的神经极度紧张，他爸爸威廉·迈尔斯(刺客组织实质领导)命令瑞贝卡将他放进 Animus 并关掉所有 Animus 的非重要功能。如此，戴斯蒙德会被引至黑屋，即内建于 Animus 核心程序的安全模式。

初次在 Animus 之岛醒来，戴斯蒙德很快便碰见 16 号实验体的自我意识 —— 他也是被吸收进该虚拟机的内部世界。16 号解释道，戴斯蒙德需要继续重现他祖先的记忆，直到他们没有任何东西要展示 —— 最终将到达 16 号所称的 “同步接点”。一旦戴斯蒙德找到它，Animus 就能将他的意识和阿泰尔和埃齐奥区分开来，之后他便能苏醒。16 号接着冷冷地提醒戴斯蒙德，如果他赶紧的话，兴许还可以参加露西的葬礼。此番说话痛击了戴斯蒙德，使他又再想起捅死露西一事，也让他认清了在罗马斗兽场发生的一幕幕所带来的后果。反思中，戴斯蒙德感觉他的行为深深伤害了自己，但他仍继续探索埃齐奥的记忆，以便他能恢复意识。

完成 Ezio 在马西亚夫首次冒险之旅后，戴斯蒙德开始窃听瑞贝卡和威廉之间的一段对话。期间，威廉正在研究金苹果，这让 瑞贝卡感到紧张，尽管威廉向她保证他不认为自己拥有适合的基因去启动金苹果的威力，瑞贝卡跟着就猜测戴斯蒙德才有。戴斯蒙德之后被拉离记忆走廊，回到 Animus 之岛。16 号解释道，Animus 检测到他离开安全模式，所以就拉他回到岛上。即 Animus 开启保险模式，试图保持他的精神完整。他也告诉戴斯蒙德，他会分散 Animus 注意力，以免这机器认为戴斯蒙德是病毒并删除他。

无论何时 戴斯蒙德以埃齐奥之身收集到足够的数据碎片，他便可进入 Animus 的核心 —— 那里没有模拟，没有环境，仅有的只是原始数据。在这个空间内，戴斯蒙德深省自己的过往 —— 他所成长的农场、刺客培训、逃离农场、纽约生活、以及被 Abstergo 抓走一事。他回想起他和父母的关系，后悔当初没听他们的劝告。他开始接受其作为刺客的角色，表明了他最惬意的时光早已成往事，而他也不再想回到过去。

在特定的序列之间，戴斯蒙德被抽离埃齐奥的记忆，他回到 Animus 之岛便和 16 号实验体交谈。他们的初次聊天中，16 号问戴斯蒙德：一旦戴斯蒙德离开 Animus，是否有可能他也跟着一起走，然后试图找具身体存放他的意识。然而，戴斯蒙德犹豫地拒绝了，16 号对此也表示理解并对自身的状况感到非常悲伤。

往后，16 号问戴斯蒙德是否后悔过他的所作所为 —— 比如离家出走、长期不接受刺客之角色。Desmond 回应道，他承认他希望自己能更耐心对待父母，他也承认自己确信他和露西的结局本可以不是现在这样。之后，16 号感谢他帮 “理清头绪”，接着便消失不见。

第三次被抽离，戴斯蒙德看见小岛正在分崩离析。16 号愤而宣明 Animus 准备删除掉他俩，脚下的虚拟地面正在分裂，他抓紧 Desmond 并对他做了个送别手势。戴斯蒙德则对这突然之举感到迷惑，以为16 号打算同归于尽。戴斯蒙德后来发现自己错了，16 号意在牺牲，临终前将他推回埃齐奥的终极记忆。