被Abstergo绑架

“我不是刺客……不再是了。” ——戴斯蒙德对韦迪克说。

2012年9月3日，戴斯蒙德被阿布斯泰戈公司绑架——一家由圣殿骑士组成的公司，做为阿尼穆斯的实验品——阿尼穆斯是一种可以读取“基因记忆”的仪器，通过身为后人的戴斯蒙德的DNA可以读取到他的祖先的记忆。

一开始，韦迪克希望直接从戴斯蒙德的意识里读取他需要的信息，但是未能成功。戴斯蒙德坚称自己只是个酒保，但是韦迪克却表示他们知道他身为刺客的背景，逼迫他承认自己曾是一名刺客。 和露西告诉戴斯蒙德，他们试图获取一段特定的记忆，但是戴斯蒙德潜意识妨碍了他们。韦迪克警告戴斯蒙德，如果他拒绝合作，他们会让他直接陷入昏迷，再继续他们的工作，最后再杀死他。别无选择情况下，戴斯蒙德同意与他们合作。

戴斯蒙德被迫探索了他的祖先阿泰尔·伊本-拉阿哈德，一名生活在十字军第三次东征时期的阿萨辛刺客的基因记忆，特别是在1191年前后的记忆——连续几天在韦迪克的监视之下。但是在晚上，他能私自进入实验室浏览Animus终端。借由从沃伦·韦迪克那里偷来的密码笔，也可以浏览韦迪克的私人电脑。

通过电脑中的邮件戴斯蒙德了解到实验体16号 因为长时间处于Animus中导致自身出现了“出血效应”，以及部分外面的消息。最终，在露西的协助下，刺客组织得知了戴斯蒙德被囚禁的消息，试图来营救他，但并未成功。

韦迪克宣称那些刺客已经是最后的幸存者，他们在沙漠中的据点早些时候已经被摧毁了。露西却告诉了他不同的消息。当戴斯蒙德向露西询问自己双亲情况时，露西表示她并不清楚，但是他们可能已经逃走了。在对话中露西暗中向他表示自己同样是刺客组织的成员。

戴斯蒙德最终达成了韦迪克的目标，找到了其它伊甸碎片的所在地。阿布斯泰戈公司的上层人士意图处死戴斯蒙德，而露西的提议救了他一命，她建议留下戴斯蒙德，以便有必要时可以再次浏览他的记忆。

在公司上层人物离开后，戴斯蒙德突然发现自己现在可以使用“鹰眼”，就像他的祖先阿泰尔一样。他看到了露西和韦迪克的不同立场，还有实验室地面上无数潦草的信息和字谜。