10月1日

美国政府为了杜绝后患，于十月一日晨投放了一枚核弹进行灭菌作战。整个浣熊市及周边区域被夷为平地，10万人在此次生化危机事件中死亡，史称浣熊地区生化危机事件。艾达·王被投靠至谜之组织“H.C.F”的前S.T.A.R.S队长阿尔伯特·威斯克的救助下复活。威斯克从威廉的尸体上回收了“G”病毒，并和艾达一起在灭菌作战前逃离浣熊市。

10月9日

席那岛刑务所的囚犯计划集体越狱。

10月10日

囚犯们企图夺枪越狱。席那岛司令宾赛德下令将逃犯全数枪杀。

10月11日

宾赛德将席那岛囚犯越狱事件以集体自杀的方式向Umbrella高层汇报。

10月中旬

美国中央情报局(CIA)和里昂·斯科特·肯尼迪取得联系，以雪莉和里昂的性命做要挟，迫使里昂接受了CIA赋予的秘密任务。

11月22日

宾赛德将T病毒散播到席那岛街道上，并伪装成病毒泄露的意外。

11月25日

受好友里昂委托潜入席那岛的亚克(Yark)拼死消灭了杀死了宾赛德的超级暴君(S-Tyrant)，并连同幸存者洛特·克莱(Lott·Klein)和莉莉·克莱(Lily·Klein)逃离席那岛。席那岛因为宾赛德启动的自爆装置而爆炸，并沉入海底。

12月12日

为了寻找克里斯而侵入Umbrella巴黎分公司的克莱尔被逮捕并送往位于南太平洋的洛克福德岛军事训练所遭到**。

12月27日

谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚·亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，便命令阿尔伯特·威斯克率领特殊部队前往夺取。威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫(Steve)相遇。在大厅里，阿尔弗雷德·亚希福特伪装成阿莱克茜亚的样子袭击克莱尔。后来，斯蒂夫为救克莱尔忍痛射杀了变成丧尸的父亲。在阿尔弗雷德的寝室，克莱尔再一次被阿尔弗雷德袭击，斯蒂夫帮克莱尔解了围。阿尔弗雷德气急败坏，启动了自爆装置，并将汉克早先运送来的暴君释放，命令它杀掉克莱尔。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。暴君随即出现，克莱尔与斯蒂夫合力将暴君打下飞机。来到南极基地后斯蒂夫射伤了阿尔弗雷德。垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。威斯克痛恨克里斯等人，疯狂的攻击克里斯。但了解到阿莱克茜亚在南极基地后丢下克里斯前往南极基地。克里斯尾随而至，救了克莱尔。克莱尔随后前往寻找斯蒂夫，却发现斯蒂夫被阿莱克茜亚注射了维罗尼卡病毒，变异成为怪物。疯狂的攻击克莱尔之后，因为对克莱尔的爱，斯蒂夫强行恢复理智，变回人类，死在了克莱尔怀里。威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，并变身为巨大的蚁后般的怪物。克里斯消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。

2002年

和里昂一起接受特工训练的战友杰克·克劳撒(Jack·Krauser)在一次直升机事故中遇害身亡。实际上他借此机会投靠了阿尔伯特·威斯克。此时，世界三大巨头的公司合并，由迷之组织引导，成为三联公司。它涉及到生物医药、矿产开发、工业兵器生产三个领域。阿尔伯特·威斯克加入三联公司。

2004年

萨德勒的研究员路易斯·赛纳(Luis·Sera)发现了教主的野心并且意识到自己的力量不足，于是向曾经的同学约翰求救。收到求救信息的却是艾达。克劳撒为了取得萨德勒的信任而绑架了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆(Ashley·Graham)。此后，完成了特工训练已经成为总统私人保镖的里昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援总统千金。威斯克为了取得寄生虫样本，派遣艾达前来协助克劳撒。里昂在村庄里受到暴民的围攻，艰苦脱险后击倒村长进入城堡。里昂重遇艾达，两人却形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·萨拉查送往遥远孤岛上的军事基地，里昂则与城主开战，里昂击倒城主，与艾达一同前往孤岛。里昂遇到了两年前在事故中丧生的杰克·克劳撒，并与之一战，最终打倒了克劳撒。救下被教主萨德勒抓住的艾达后里昂与艾达协力击倒了萨德勒，艾达回收了寄生虫样本后启动了自爆装置，里昂与阿什莉乘坐救生艇逃脱，孤岛沉入海中。而路易斯为了帮助里昂被萨德勒杀死。艾达把寄生虫样本交给了阿尔伯特·威斯克。此时威斯克已经成为三联公司的首席。此后数年，三联公司继Umbrella继续开发T病毒和G病毒，并将Las Plagas用病毒该良，使其拥有更高的攻击能力，可以在青年人身上寄体，使寄主失去理智，但拥有更高的智能和攻击意识。