在消灭了浅井和朝仓家后，信长把目光放在了本愿寺的势力上。信长其实早就留意过这个宗教组织，当初护送义昭回京后，他除了每天陪天皇和将军吃饭看戏，还和一位来自葡萄牙的传教士路易斯来往，授予他自由传播天主教的权力。信长的目的是削弱本土宗教的势力，也就是本愿寺的势力。

本愿寺是一座寺庙的名称，位于长岛城（现在的大阪中央区）。同时，它也是日本佛教的重要分支，净土真宗的本愿寺派所在地。在战国时代，信徒众多的这股宗教遍地开花，渗透到了很多地区，其凝聚力和战斗力是普通大名和豪族无法抗衡的。信徒们稍加煽动就会发生暴乱，老实的农民伯伯也会变成冲在第一线的勇士，所以信长不得不长远打算。

现在本愿寺家的显如和尚就在长岛的本愿寺里，派附近清洲、那古野和犬山城的城主过去围剿吧。攻下城池后，信长作出一个惊人的举动，吩咐手下封住城口放火焚城，城中无论老幼一律屠杀，此举总共屠杀了城中的2万士兵和平民。

在史实上，信长确实主导过几次血腥的屠杀，此前曾经收容朝仓、浅井两家屯兵的比叡山延历寺就血屠过，它位于近江国西。此前信长曾劝寺院不要参与进来，寺院不听劝告收容了反信长联军，信长十分气愤，决定对不听话的人杀一儆百。在夺下比叡山后，下令将山上的非织田军的人杀光，建筑全部烧毁。要说这延历寺可是大有来历，它是日本的佛教名山，最早的佛寺也是开创平安时代的桓武天皇投资修建的，拥有800年的历史，再加上当时的佛教有极高的普及度，这一决定不但造成了一次文化的浩劫，也让信长站到了众多佛教徒的对立面。

其实信长一直没有放弃怀柔政策，敌对的大将一般能降就收，既往不咎。让他拿起屠刀的就是当面对宗教势力的时候，他要用物质的残暴来摧毁精神的信仰。

但站在军事家的角度来看，此举的政治意义和影响也是深远的。屠杀的意义不仅是消灭对手，更是为了震慑他人，让他人屈服，是为了胜利而压制对手的手段。比如扬州十日、嘉定三屠，再比如南京大屠杀，再比如将来的东京大屠杀，莫不如是。

经由两次屠杀，信长的名字瞬间传遍全国大江南北，也获得了“第六天魔王”的称号。