三代开始于收割者对地球的入侵，在二代剧情结束后六个月，收割者入侵了地球，薛帕德成功乘坐飞船逃离，前往火星，安德森则留在地球带领人类军队抵抗收割者。

薛帕德离开地球之前接到了前往火星的任务，原来火星挖出了大秘密。到达火星之后，发现挖掘场出现异常，幻影人派遣塞伯鲁斯特工潜入了火星挖掘场。

经过一番战斗之后，薛帕德拿到了火星挖出来的东西，也就是笔者前面提到的普罗仙人留下来的“擎天炉”设计图。

游戏百科中的“擎天炉”介绍

于是薛帕德开始联合全银河系各个势力，共同为建造“擎天炉”努力。但银河系各个势力之间存在矛盾，势力内部也有自己的问题，有的势力还与收割者交战，大本营都岌岌可危别说帮人了。

于是薛帕德一边帮助各个势力解决问题化解矛盾，联合银河系人类军队，一边寻找对抗收割者的线索与方法，一边让人建造擎天炉。

也就是在这一过程中，薛帕德见到了创造先驱，并间接创造收割者的上古种族利维坦。

其实很难说幻影人是偏执狂还是有想法

游戏的最后，幻影人与薛帕德都来到了神堡，也就是能够驱动擎天炉的催化剂面前，薛帕德杀掉了幻影人。

到这里，先驱才告诉他，收割者存在的意义其实是收割高级文明，避免过度的机械化，带来人类（包括外星人）生物性上的毁灭。

如果不对高级文明加以限制，那么人类创造的机械，最终会叛变人类，毁灭人类。比如《地平线：黎明时分》讲述的就是数据病毒污染机械，导致人类自己创造的机械最终毁灭人类文明的故事。