一群S.T.A.L.K.E.R战士在第一次到达切尔诺贝利核电站原址之后，引发了一场地壳变动的巨大灾难，一股不规则的能量变动席卷了这个区域。到处都充满了危险，充斥着不规则的能量变化。S.T.A.L.K.E.R相继死在这片迷失的区域上。同时一块新的区域在这些变动之后出现了，其仍是充满了不稳定性。

S.T.A.L.K.E.R已经知道先前的大规模行动破坏了这个区域脆弱的平衡。于是S.T.A.L.K.E.R开始迁怒于这个新的区域，但是那里已经没有了敌人，到处都是自己人，一场内部的斗争也就此拉开了序幕。

游戏的主角是一名夹在两股势力当中的一名普通雇佣兵。主角需要在整个事件中扮演关键的角色，将S.T.A.L.K.E.R组织重新变成起建立初衷的样子。

在新区域的里面有什么样的东西在等待着S.T.A.L.K.E.R？玩家在新的地形中将面临怎样的新挑战？为什么新区域里这样巨大的灾难？为什么区域发生了变化？怎样维持原先的稳定？所有的答案都将在《S.T.A.L.K.E.R：晴空》中揭晓。