游戏的最开始，玩家将面临第一次选择。第一次的分歧，将带给玩家不同的视野，进而了解男、女主角的背景故事和独特性格。

随着故事剧情的发展，玩家将遭遇队伍必须分头行动的选择。玩家选择以不同的主角带领队伍，将和不同的角色共同冒险、产生不同的团队战斗组合效果。而因选择的路线不同，玩家在神秘战斗事件中才可能获得的神兵珍品，也将各自不同。 

不同主角的团队组合，将使剧情走向发生变化、分歧。因为分隔两地而疏远感情、或因为共同行动而近水楼台，或是引发极特殊的故事剧情，这些可能性都将在《幻想三国志３》充分得到发挥，将使剧情的变化性倍增。 

《幻想三国志３》的剧情，将随着好感度、路线抉择与特殊条件，发展出各种不同的结局。男主角夏皓、女主角张婕、各主要登场角色间，将产生高自由度的感情发展，并透过特殊条件的达成，引发隐藏而惊喜的结局。

而剧情中登场演出的众多重要角色间，也将有各自的情感发展结局。这些结局，将随着男、女主角的感情发展，而对应发生变化，因此如何得到玩家心目中最皆大欢喜的结局，也将成为游戏的乐趣之ㄧ。 

即使在双主角变化的设计下，游戏中的支线任务与战斗事件，玩家将仍能充分体验而不受限制。而离队角色的等级，将随着选择主线的领队角色而提升，练功成果不浪费，而更多其它的系统，也将保持完整的百分百内容唷～