3.Vault 101

也是一开始主角成长的避难所。而实际上主角是在避难所外出生,按时间判断也许应该在兄弟会的基地里,因为当时主角的父母都是兄弟会庇护下的科学家，而后主角母亲死于难产，父亲为了保护主角而且认为世界上最安全的地方就是避难所（一点儿也不安全，其他几个避难所都被毁了），而且希望得到避难所里的科技，因而以科学家的名义说服了避难所的Overseer带着主角进入了避难所。而overseer（怎么又是Overseer）则一直对主角的父亲心怀顾及，派去监视他的助手反而还被父亲的无敌人格魅力所感染，成为了帮助父亲逃离避难所的人。这里也是主角第一个任务开始要逃离的地方，后续还会在外界收到避难所里青梅竹马的Amanta发出的求救讯号而赶回避难所，解决了避难所的冲突之后却被告知因为这一切的起因都是主角父子，因此被强行永远离开避难所101。

4.Vault 106

在避难所关闭的第十天，神经毒气透过空气过滤系统进入了整个避难所，于是这大概是最早崩溃的避难所了。而时间过去了这么久后，神经毒气依然存在，虽然已经不会致命。主角进入的时候画面会突然变成紫色，而出现幻觉，看到许多避难所没有被毁坏前的场景，以及被毁坏时人们逃跑，惊叫的场面。

5.Vault 108

进入后发现避难所大门也已经被破坏很久，而门口趟着一个带有编号，名字叫Gary的尸体。继续往里面走，发现不少避难所居民发疯的喃喃自语"Gary oh Gary"向你冲来，抬枪消灭它们后会发现所有人的名字都叫做Gary，而且还都有着各自不同的编号。一直往里面走，进入里层才发现，原来这各避难所的科技是克隆，装备了一个克隆试验室，而路上所遇到的所有人都是“Gary“的复制品。不必说，必然又是科研过程中出现了问题，复制的过程无法停止，复制出了大量的Gary，而复制出的所有的Gary都是性情残暴，见人就杀的嗜血狂，于是再次（再一次再一次地），避难所被内部出现的问题给破坏了。

4.Vault 112

主线任务到达的第一个避难所。从父亲那里的日记得知父亲最初来到避难所101是为了寻找能够制造净水器的相关科技，后来一天无意中发现了伊甸园制造器（GECK），并发现只有Vault 106的某位博士才知道相关的科技，于是毅然决然赶赴Vault 112。主角到达Vault 106后才发现此处已经200多年没人来过了，门口的机器人说请进入镇静仓内进行虚拟程序，四下逛逛可以拿到打开Overseer办公室的钥匙，进入办公室后发现Overseer也是沉睡在自己办公室内的镇静仓内。通过观察大厅内镇静仓中的人，有一个标记为“无法识别身份“的镇静仓里毅然躺着自己的父亲，于是主角便进入了由那位博士所一手创造的虚拟现实中拯救了自己的父亲。通过努力最终解救出父亲，并了解到原来这位博士是当时最有名的科学家，因此得以进入避难所，而后在避难所枯燥的生涯中，他发明了一种虚拟现实的机器，可以让人完全沉醉在一个他创造出的美好世界中，于是所有人都陷入了沉睡，而不想返回现实，在虚拟现实里博士可以为所欲为，渐渐地性格变得扭曲，以作弄和杀害他认为乐，但因为是博士创造的世界，他可以让被杀死的人起死复生，因而这个世界永无止境地持续了200年左右。而最终善良路线的主角成功启动了博士预先设计下的为了防止意外情况而设置的保险，”中国入侵”的虚拟情节，杀死了所有沉睡在这里无法解脱的人，并使得博士无法复生他们，而一个人孤独地陷入了自己所创造的无尽世界中。离开时博士的话说：“既然我能够创造一个完美的世界，为什么还要回到那个不完美的世界中去呢？