完成两名飞行员的任务后，可任选一名做为驾驶员飞往Mako工厂区域调查。Sid会降落到目标地的屋顶，接下来要寻找通路潜入到工厂建筑内部。在屋顶先往旁边跳到绿色的屋顶，沿着边沿走到另一处平台，避开左边的监视器往右钻入风道，潜入建筑物后是一间会议室，由桌上的数据卡找到生物实验室的密码，这时会收到来自两方面的通读，教会方面要你杀掉开发武器程序的科学家，WTO方面要你寻找新研制的武器Mag Rail，然后他们可进行扫描测绘。

    离开会议室往左边的走廊走，右侧的楼梯下去有一道维修通道的门，在里面的房间找到武器实验室的密码。通道里有激光防护，可由附近的风道绕过去，杀掉里面的警卫由屋子里的梯子爬入储藏室，使用电脑将机器人解除行动，出来在对面可找到生物实验室，沿走廊往前上楼梯回到会议室，继续往前走是警卫室，往左进入武器实验室找到Patton博士，从他身上拿到武器启动程序的密码，这时可选择杀不杀他。杀他可完成教会方面的任务，启动开关拿到武器可完成WTO方面的任务。接下来前往生物实验室寻找Nassif博士，由实验室的电梯上去，与女研究员交谈后利用电脑放出一只研究的生物人，它会出来将楼梯上的警卫杀掉，然后到警卫室找办公室密码。进入办公室使用通讯仪得到前往开罗调查的行动指示，这时由会议室的通道返回到屋顶与飞行员会合前往开罗。

    第二关：开罗，埃及（第一部分）

    （Cairo， Egypt 1）

    开罗有座标志性的生态建筑（Arcology），它有110层之高，机场和候机大厅就位于生态建筑的顶部。由电梯可通达107-108层，这里有学校、社团等单位，由此还可前往麦地那区域，那里分为温房、清真寺和住宅区几个地方。

    降落后由机库到走廊收到WTO方面Morgan的来电，她要你摧毁Leila Nassif叔叔的温房。接着又收到教会方面Lin的来电，她要你到清真寺找Billie Adams接头。经由候机大厅上一条斜坡的走廊找到电梯，往下来到107层找到QueeQueg咖啡馆，之后到麦地那还可找到Pequod咖啡馆，两个老板会委托你完成同一桩任务，为他咖啡馆寻找NG做代言人，完成任一方都可得到生物药剂的报酬。在咖啡馆的大厅角落找到舞动身肢的NG，谈话接到搜集经纪人腐败证据的任务。由108层的电梯往机场，找到NG经纪人后贿赂他为咖啡馆安排NG做代言人，然后找咖啡馆老板拿报酬，并把经纪人贪污的证据告诉给那名NG.接下来前往麦地那区域，电梯在一条维护通道里，它就在咖啡店的右侧。来到麦地那的南部，这里有两条通道，右方前往温房，左方前往清真寺和住宅区。沿左边的街道前行找到咖啡馆，找老板接到找NG的任务。往前到麦地那的北部，在清真寺前与Sheriff交谈得到清真寺地图，进到清真寺会被解除武装，在大厅里找Billie和Saman交谈，得知这里的人民遭受瘟疫的侵害，她要你去找Omar商人寻求解决之道。在Saman离开后跟着他到楼上办公室，从柜子里拿到一些补给，接着由寺庙另一边的通道往地下室探看被瘟疫感染的病人，在一个房间里遇到医师和妇女Ameer以及她的女儿Mina，与Ameer谈话得知Mina被感染，她希望能进到塔尔苏斯学校以得到良好的治疗，主角要进到学校的电脑接受Mina的入学申请。

    离开清真寺往住宅区，在上层的走廊里找到Leo，交谈后得到前往生态建筑调查教会内部间谍的事件。与尽头的两位Omar商人打听瘟疫的治疗方法，他要主角前往24号机库去寻找有关的线索，并且得知在110层有人会帮助你打开24号机库的大门。在住宅区还可找到一间牢房，与里面的Harvester谈话得到前往上层的住宅区刺杀警卫队长的任务。在住宅区可找到Nassif博士叔叔的住处，进去与老人谈话得到两个任务，一个是调查塔尔苏斯，另一个前往学校寻找他失踪的小女儿。在住宅区的顶部是武士的秘密据点，由风道潜进去从卧室可找到一间密室的通行密码。

    接下来去完成破坏温房的任务，回到麦地那的南部，在前往温房的路上会遇到阻路的匪徒，这时可选择乖乖交钱过去，或者直接杀掉他们。来到温房会有多种选择来完成任务，一是破坏过滤器，二是破坏控制电脑程序，三是利用火焰喷射器直接烧毁种植的作物。在完成温房任务后杀出胡同，由电梯返回到生态建筑。

    在107层有个教会的征兵处，往右边找到学校入口，在左侧有风道可以钻进去，在尽头可偷听到征兵处的两人谈话，得知他们将对住宅区的Omar商人执行抓捕计划。来到学校与接待员对话，然后往左边到学校走廊，绕到招待前台的里面使用电脑接纳Mina的入学申请。