原本也只有三幕剧情，不乱逛看风景，故事会推进得异常之快。建议前期专注主线任务，支线和收集可以适当搁置。率先通关主线会对收集和支线有很大帮助，下文会有说明。有个序幕开门杀奖杯。

通关主线之后，将会获得以下奖杯：

逃亡

完成序章

杀手新星

完成第1幕

进入

完成第2幕

没药了

完成故事

最终“Boss战”在难点任务分页有图解。任务列表中有25个主线任务，一小部分是跑路见人，而剩余的绝大部分都可以靠潜行暗杀来完成。游戏本身也提倡这种方式。玩家和敌人皆一击毙命，如果您对自己的弹幕躲避能力有信心，那么大可肆意妄为。最后三个完成所有关联挑战任务的金杯绝对是对潜行暗杀这一方式的褒奖。

忍者 Ninja

不要被发现

浪人 Ronin

杀死任务中的所有敌人

浪游忍者 Roninja

杀死所有敌人且不要被发现

在做主线任务的时候，注意按T-PAD查看任务信息，如果有以上三个图标，那么表示该任务属于潜行暗杀的挑战。如果在主线或支线没有达成全部挑战，大可放心，主线通关之后就能选任务再次尝试。

Tokyo 42的潜行并不难。首先敌人AI较低，只要不是近距离面对面，从侧面绕到身后敌人的警觉度立马没了，而且巡逻路线都有规律;另外游戏的存档点“咖啡机”特别多，可以利用附近的两个咖啡机来回存档，在任务中只要没被敌人发现(追捕)随时可以手动存档，而存档之后，一旦被发现可以选择自杀，存档之前杀过的敌人不会再出现，可以再次尝试潜行暗杀剩余敌人，可谓大幅降低难度。

以及，人群模拟aka制服切换，也对潜行有很大帮助。游戏有五大帮派的敌人——西装团、朋克帮、工厂暴徒、迷你高尔夫球手、突击队，玩家的死亡画面会出现你被XXX(朋克帮)炸死了的信息，括号内的信息也就是该帮派的名称。潜行过程中，先按十字键上键进入武器选择环，把制服改成对应的敌人帮派，返回游戏按下十字键可以变装相应的制服，注意换装耗费能量，如果附近没有能量垫，还是尽可能少用变装。

制服变装和外套是两回事。外套只是个披风，如果在敌人视线中按切圆圈换普通服装照样会被发现，然而在敌人视线内按十字键上键切换制服则可以化险为夷。