在系统方面，《神秘海域 失落的遗产》与本传并没有什么太大幅度的变化，其中最为特别的部份，是为了凸显克洛伊兼具宝藏猎人与盗贼的身分，所特别加入全新的「开锁」要素。克洛伊可以透过开锁技巧来解开冒险途中发现的储物箱，取得其中的武器弹药等资源。同时玩家也有机会取得前作所没有的「消音手枪」，远距无声杀敌的能力，让玩家在游戏中能採取更为多元的战术运用。

先前系列作的冒险舞台有时候会横跨好几个国家，但这次因为篇幅较短，所以完全集中在印度一地，不过单是印度一地也有许多不同的景观，如都市、寺庙、丛林、遗迹等，地理景观的变化很大。而《神秘海域 失落的遗产》不仅有着系列最大的单一可探索区域，更继承了《神秘海域4》中「半开放式」的探险玩法。而在某些章节裡，玩家有机会驾驶吉普车，自由探索广大的地图。

随着半开放地图的设计，玩家能自由选择路径，难度看似提高，却能带来更贴近真实寻宝的乐趣。游戏中有着 100 项宝物可供收集。在探索地图时，记得留意各种角落、缝隙，说不定「曷萨拉」的秘宝文物就藏在其中。尤其要留意在「西高止山脉」环境中的 11 个「曷萨拉标记」。它们不但都与曷萨拉王朝背后的故事有关，全数收集到这些标记时，更会获得让你的游玩过程更有利的独特宝物。