本作主角名叫多米尼克（Dominic），是奥尔多（Aldo，前作主角）的手下，这回他们和柯里昂家族的迈克（Michael）、弗兰德（Fredo，迈克之兄）一道来到古巴，参加罗斯（Roth）先生的庆生会。

罗斯和古巴政府进行着交易，事业如日中天，他希望能和平解决家族间的纷争，便藉着庆生的机会将各家族的首脑都召集过来，声称会在退休之后，将自己的财产分割给在座的各位。那些家族的老大闻言，尽管仍保持着优雅的姿态，喜色却不可遏止的流露在了脸上。

分完了蛋糕，人潮散去。此时主角可以自由行动了，对NPC按E键可以聊天。和身旁的迈克（头顶有提线标识，表示是主线任务相关的NPC）攀谈起来，他踌躇满意，打算在古巴能有一番新作为。询问老板奥尔多的去处，得知他在酒店一楼的新年庆祝会场，古巴总统将在午夜在那里发表新年致词，于是前往楼下，途中熟悉一下操作，诸如跑动、行走、小地图、大地图等，任务目标在小地图上以绿色的X表示。

在楼下找到奥尔多，和他确认明天会议的事，他显然不太喜欢古巴，反政府武装已经难以控制，总统只是个尸位素餐的家伙罢了。这里的对话有选项，用方向键来选择。对话结束，听到古巴总统发表致词，声称要辞去总统职务，这时会场发生骚乱，主角此时要护送奥尔多、迈克和弗兰德（头顶有鹰盾标识）逃离酒店。按小地图的标识走，身后的三个家伙会自动跟上来。

遇到士兵展开肉搏，练习左勾拳右勾拳（鼠标左右键）和抓推动作（贴近同时按住左右键抓衣领，这时如上下划动鼠标是膝顶或头撞，如按空格则是扼杀）。来到街上看到人潮汹涌，掏出手枪（按数字键切武器，按空格收枪或拔枪）清掉叛军，沿街道一路杀过去，熟悉枪械切换和精确射击等基本操作。来到吊桥前，狙击屋里的一名士兵放下吊桥。

冲到机场外，奥尔多割开铁丝网进入机场，不想被狙击手射杀，主角和拾起他的枪，和迈克和弗兰德兄弟一道跳上飞机离开古巴。飞机上，迈克让哥哥弗兰德照料奥尔多的家人，然后让主角前去接替奥尔多的位置，帮忙打理纽约的生意，主角自然是满心欢喜地应承下来。

回到纽约的6周后，柯里昂家族的总部，迈克说罗萨塔（Rosata）兄弟的卡迈因（Carmine）和托尼（Tony）的两个家族在纽约发展，背后可能是罗斯在撑腰，尽管罗斯是生意上值得敬重的伙伴，但也不能眼看罗萨塔兄弟的势力坐大，便让主角处理好这件事。

主角跟随迈克参加罗斯的庆生会

在酒店大厅倾听总统的新年致词

拿这位老兄练习一下近身格斗技术

街上发生骚乱，赶快保护老大撤离吧

一代的主角刚出场就这么挂掉了

迈克让主角接替奥尔多打理家族生意