第二关：开罗，埃及(第一部分)

(Cairo, Egypt 1)

　开罗有座标志性的生态建筑(Arcology)，它有110层之高，机场和候机大厅就位于生态建筑的顶部。由电梯可通达107-108层，这里有学校、社团等单位，由此还可前往麦地那区域，那里分为温房、清真寺和住宅区几个地方。

　 降落后由机库到走廊收到WTO方面Morgan的来电，她要你摧毁Leila Nassif叔叔的温房。接着又收到教会方面Lin的来电，她要你到清真寺找Billie Adams接头。经由候机大厅上一条斜坡的走廊找到电梯，往下来到107层找到QueeQueg咖啡馆，之后到麦地那还可找到Pequod咖啡馆，两个老板会委托你完成同一桩任务，为他咖啡馆寻找NG做代言人，完成任一方都可得到生物药剂的报酬。在咖啡馆的大厅角落找到舞动身肢的NG，谈话接到搜集经纪人腐败证据的任务。由108层的电梯往机场，找到NG经纪人后贿赂他为咖啡馆安排NG做代言人，然后找咖啡馆老板拿报酬，并把经纪人贪污的证据告诉给那名NG。

　接下来前往麦地那区域，电梯在一条维护通道里，它就在咖啡店的右侧。来到麦地那的南部，这里有两条通道，右方前往温房，左方前往清真寺和住宅区。沿左边的街道前行找到咖啡馆，找老板接到找NG的任务。往前到麦地那的北部，在清真寺前与Sheriff交谈得到清真寺地图，进到清真寺会被解除武装，在大厅里找Billie和Saman交谈，得知这里的人民遭受瘟疫的侵害，她要你去找Omar商人寻求解决之道。在Saman离开后跟着他到楼上办公室，从柜子里拿到一些补给，接着由寺庙另一边的通道往地下室探看被瘟疫感染的病人，在一个房间里遇到医师和妇女Ameer以及她的女儿Mina，与Ameer谈话得知Mina被感染，她希望能进到塔尔苏斯学校以得到良好的治疗，主角要进到学校的电脑接受Mina的入学申请。

　离开清真寺往住宅区，在上层的走廊里找到Leo，交谈后得到前往生态建筑调查教会内部间谍的事件。与尽头的两位Omar商人打听瘟疫的治疗方法，他要主角前往24号机库去寻找有关的线索，并且得知在110层有人会帮助你打开24号机库的大门。在住宅区还可找到一间牢房，与里面的Harvester谈话得到前往上层的住宅区刺杀警卫队长的任务。在住宅区可找到Nassif博士叔叔的住处，进去与老人谈话得到两个任务，一个是调查塔尔苏斯，另一个前往学校寻找他失踪的小女儿。在住宅区的顶部是武士的秘密据点，由风道潜进去从卧室可找到一间密室的通行密码。

　接下来去完成破坏温房的任务，回到麦地那的南部，在前往温房的路上会遇到阻路的匪徒，这时可选择乖乖交钱过去，或者直接杀掉他们。来到温房会有多种选择来完成任务，一是破坏过滤器，二是破坏控制电脑程序，三是利用火焰喷射器直接烧毁种植的作物。在完成温房任务后杀出胡同，由电梯返回到生态建筑。

　 在107层有个教会的征兵处，往右边找到学校入口，在左侧有风道可以钻进去，在尽头可偷听到征兵处的两人谈话，得知他们将对住宅区的Omar商人执行抓捕计划。来到学校与接待员对话，然后往左边到学校走廊，绕到招待前台的里面使用电脑接纳Mina的入学申请。

　到实验室门外找警卫接任务，进入实验室杀小怪物，然后由风道钻进去在一间储藏室找到失踪的学生，其中包括Nassif叔叔的女儿Eev。这时要到校长的密室里调查校长与教会勾结的证据，密室有两种进入的方法，一种是到校长室找Silas谈话，地上的数据卡可得到密码，观察竖旗的后面有一道密码锁可开启密室的通道。另一种方法是由储藏室的风道潜入。进入密室后操作电脑解除监视器和枪塔行动状态，阅读桌上的数据卡拿到密码，然后按Donna的提示前往108层的社团区域寻找受困的Leila Nassif教授。

　到108层进入社团区域(Corporate Suites)，进去遇到美女枪手Klara Sparks，帮她解决掉房间里的警卫，往左边转入走廊在柱子后找到电脑，用它来解除激光防护和枪塔的运作，在左边的会议室可找到警卫队长Chief，他就是麦地那的Harvester委托要杀的人，如果在这里不杀他，Chief还会在最后的关卡出现，是敌是友还要看你以后的选择。杀掉他的话可以找Harvester拿到生物药剂，不杀的话可得到机库的通行密码。

　在办公室遇到大批的敌人，杀掉后穿出去到实验室，这时会收到教会Lin的指令，她要你阻止Nassif博士的研究成果付诸实践，在实验室的柜子里可找到生物药剂，然后到里面找Leila Nassif，可以按教会方面的要救杀掉她，也可以留她一命套问到很多的讯息，完成WTO方面的任务。Leila Nassif提议前往德国找宗教领袖Tracer Tong，他是唯一与JC Denton联系密切的人。

　返回到麦地那的北部找Leo和Omar商人，通知Leo教会方面的人会展开抓捕行动，然后前往清真寺找难民Ameer汇报她的小女儿Mina被接纳入学的消息。稍后再返回去找Omar商人和Leo谈话，他们为提供有用的情报付给400块钱报酬。再前往Nassif的住所通知他女儿Eeva消息得到300块报酬。

　回到候机室找税务稽查官透露教会人员从事军火走私的消息，拿到200块报酬。由电梯到107层找NG谈话完成搜查任务得到300块报酬。如果当初放警卫队长一条生路的话，在进入维护通道时会收到一个通行密码，到前面走廊操作电脑使里面的数据共享，完成教会方面的任务。

　 在完成开罗所有的支线之后，到107层的咖啡馆找飞行员Sid或Ava前往德国。

第三关：特里尔，德国

(Trier, Germany)

　降落到特里尔后收到Sid的通讯，他让你到九世界旅馆去找宗教领袖Tracer Tong。调查广场的椅子有一张数据卡，阅读后拿到市区地图。广场旁边是警局总部(SSC)，由右边的胡同穿过去找到QueeQueg咖啡馆，与里面的老板交谈，他让你前往警局调查为何他与Pequod咖啡馆的诉讼案子会被拖延。在咖啡馆里还有一名黑市商人，与之交谈得知九世界旅店上面有家古董店，在里面可找到神秘的黑市商人，从他手里拿到古董店的通行密码。

　离开咖啡馆在一侧的胡同找到一台ATM机，利用黑客技术可盗取600块，地上还有个井盖，里面的下水道通往黑门废墟先不用进去。沿胡同前行找到九世界旅馆，右边的墙上有一道梯子通往屋顶的停机坪。进入旅馆上楼梯用密码开门进去找到Omar商人，从他们手上可买到生物药剂。到楼下的旅店往左边的圆桌听取两个客人的谈话，得到调查武器店(Nur Gewehre)的任务。

　由旅馆的大厅往右边走有间会议室，与Tracer Tong对话得到前往黑门实验室(Black Gate Lab)救援教皇的任务，在要离开时收到Dumier发来的讯息，要你前往警局会面。出旅馆往右走是一间武器配件商店，有玻璃静音器的配件可装到武器上，悄悄打碎玻璃进去拿装备。由广场进入警局，前往证物室(Evidence)门前先用电脑解除掉里面的监视器，然后用电弧刀开锁进去，移动箱子跳上去从架子上拿到生物药剂，读取数据卡完成咖啡店老板所委托的调查任务。上楼梯到看望室与里面的Dumier谈话得到黑门实验室的密码，然后离开警局往咖啡馆覆命拿报酬。

　由咖啡馆旁边胡同的水道前往黑门废墟，由梯子爬上去可看到一些巡逻的警卫，杀掉他们再利用障碍避开那只巨大机器人的炮火，往废墟建筑的左侧小巷找到一名帮手，然后一起由左侧的门进去，上楼梯沿着走廊前行找到一道石门，进去乘电梯到达实验室的走廊，往左边的门进去用电脑解除掉枪塔，或者控制枪塔干掉走廊上的守卫，由房间的风道爬到走廊的另一端找到一间办公室，在里面的柜子里有三个生物药剂，由桌上的数据卡找到控制室和实验室的密码。

　沿走廊找到三道黄色激光线，用电弧刀解除掉往前面的屋子找Nicolette谈话，不但打听到教皇的消息还确认了Saman叛变的事。这时由水道返回到特里尔的警局找Dumier谈话，得到教会领地的地图，到咖啡馆找飞行员前往教会领地。

　来到教会的领地与NPC谈话，得知有密道潜往领地内部。沿胡同前行找到一名叫Billy的小孩，可花钱买到一份武士分布的地图。到小巷尽头跳到垃圾箱上，往左边的平台跃上去，往前发现下面的庭院有守卫和机器人，将他们解决掉跳落庭院找水道下去。

　由地下通道杀过去，往右边有激光防护，解除掉往前杀掉警卫找升降梯上去，离开房间杀掉沿途的警卫，往前炸毁火箭炮塔，接下来寻找Saman的电脑终端搜寻黑门实验室里的传送装置的数据模块。由大厅往前走有黄色的激光防护，由右侧的门上楼梯到阳台，从箱子上拿到办公室的密码，返回大厅进办公室从桌上的数据卡得到电脑的开机密码，然后使用电脑下载数据模块。完成后返回到降落点与Klara Sparks交谈，乘坐飞机返回到特里尔。

　 回到城区到旅馆找Tracer Tong询问有关JC Denton的信息，然后由地下水道前往黑门废墟实验室，在途中会发现SSC警察正与教会的武士对战，在实验室里收到Dumier的提示，得知要恢复传送站的功能，要找到并启动备用的发电机组。这时前往控制室将找到的数据模块安装到控制电脑里，再沿走廊找到前往维护室的梯子，爬进去将坏掉的发电机切断电源并启动另一台备用的，然后跑到控制室操作控制电脑启动传送站，从窗户可看到外面显现的奇观，退回走廊进入传送站前往JC Denton在南极州的基地。

第四关：南极州

(Antarctica)

　大雪飘飞的南极州，不仅有企鹅栖居在这里，还有灰色人种(Gray)在这里活动。由传送点出来是一座山洞，与旁边的灰色人首领对话得知他们的伙伴被人类的教会武士捕捉去了。离开山洞往前到一座山坳，正中央是一间简易房，附近有机器人和武士在巡逻看守，利用石头的障碍潜行过去，在旁边的笼子解救出被囚禁的灰色人，然后按照Billie Adams的提示潜入到简易房里，操作里面的电脑将外面巡逻的机器人解除，从桌子上的数据卡拿到密码，利用通讯仪与Billie Adam谈话。

　离开简易房进入写有“Site X”字样的洞穴，穿过去一路杀下斜坡，沿途有大量的重甲武士和枪塔阻击，前方就是JC Denton的避难所，阅读入口处的数据卡，操作前面的控制电脑的数据模块进入建筑的内部。

　要启动JC Denton超级电脑的太阳神智能系统(Helios AI)，需要启动五个数据模块才行，每开启一个会发生空间转移。在打大厅找到通讯仪与Ava谈话，然后启动大厅中央控制电脑的数据模块来到一个房间，与面前的灰色人对话，书架上有龙牙剑可拿，然后上楼梯找到第二个数据模块传送到一间办公室，在里面启动第三个数据模块传送到会议室，穿过卫生间找到第四个模块传送到工厂内部，这时会遇到Billie Adams，这时可选择杀不杀她，如果不杀的话在最后的关卡她还会出现，处理完她到前面找到第五个数据模块返回到先前的大厅之中。

　与全息成像通讯仪里的JC Denton通话，然后离开这里回到外面的山谷，这里的敌人会重新布署，激战之后退回到最初的雪谷，收到Saman的通讯约定在4号简易房通话，结果进入简易房后受到了大批敌人的包围，才知道是被他算计了，杀出重围进入标志着“Abandoned Base”的废弃基地，接下来要做的是利用这里的机场返回到埃及开罗。

　根据Tracer Tong的提示点亮灯塔须启动基地下层的发电机，在一排厂房前面的平台上是控制灯塔的控帽台，没有接能电源现在还不能操作，进入旁边的屋子找到电脑，用它可解除掉外面的炮塔。左右两边的厂房分别标有A、B字样，在A区的厂房里可找到火焰喷射器，数据卡里存有两张基地的地图，上层的办公室和寝室可以找到很多的补给装备。绕到厂房的后面在墙上找到一条风道，由此可潜入B区厂房，找到楼梯下去到基地的底层，在楼梯根部的右侧有风道可潜入牢房区域，在里面有名囚犯不用理会，如果放他出来会受到攻击。沿牢房通道找到电力供配室，启动发电机的开关恢复电力供应，这时按原路回到外面的平台，操作平台上的控制开关点亮灯塔，然后由B区厂房的二楼台球室出去到停机坪，乘飞机返回到埃及开罗。

第五关：开罗，埃及(第二部分)

(Cairo, Egypt 2)

　在本关中将面对几种势力的倾向选择，会影响到游戏故事的结局。比如Illuminati方面会交给你刺杀Paul Denton的任务，而教会方面则希望你救援Paul Denton。后面教会方面要求你加入他们的行列，但需要检测你的血清，是否将血清交给Todd博士也会影响到你与三个派系之间的关系，为了能打全三种结局，建议玩家在选择前存档。

回到开罗的麦地那，在街道与QueeQueg咖啡馆的老板谈话得到Pequod咖啡馆保险箱的密码，与旁边的Sid Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务，穿过铁栅到麦地那北部转转，陆续会收到Nicolette和JC Denton的来电。在清真寺遇到求助的Leo，给他500块钱资助他离开德国。在街道上还会遇到教会的Lin，和她谈起驻扎在这里的Illuminati部队。

在住宅区与那两名Omar商人谈话采买一些补给，再到Nassif叔叔的家里，老人怀疑有人悬赏取他家人的性命，于是到住宅区的最上层调查真相，潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士谈话，将他们杀死后再回去找Nassif叔叔获取报酬。

在清真寺里发现被重兵把守，受Nicolette之托要替这里受困的难民解围。先清理走廊和地下室里散布的警卫，注意门口的一人身上有火箭筒要拿到它，在搜集足够的弹药和补给之后到大厅，使用火箭筒将那只巨大的机器人轰倒，任务完成。到地下室与难民妇女Ameer对话得到警卫室保险箱的密码，然后找医师和医疗机器人补血，在清真寺里有电梯直接通往生态建筑内部。

出电梯会遇到敌兵的阻击，这时收到Dumier的来电，要你前去解救被俘的Klara。前往108层清除大厅的警卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和补给。杀到107层与角落的NG谈话，得知她被困在110层。在咖啡馆墙上的箱子可拿到一些装备，越过咖啡馆找到维护通道的入口沿斜坡下去，走廊尽头的门被WTO警卫把守着，要救Klara则要杀掉这里的警卫，在里面找到Klara和一些装备。

乘电梯到候机大厅，与一名士兵会话后沿斜坡走下去找到一台全息通讯仪与教会的Saman通话，他邀请你加入教会，但要将血清样本交给24号机库里的Todd博士，在通话之后附近的教会武士不再对你攻击，这时到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。接下来面临立场的选择，前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务。最后到23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开埃及前往纽约的自由岛。

第六关：自由岛，纽约

(Liberty Island, New York)

这是最后的关卡，根据玩家之前的选择会遭遇不同的人物、接受不同的任务并产生不同的结局。在前面的一些暗杀行动中，如果没有杀死目标人物，在本关中他们都将出现，并且因为你立场的不同而帮助或攻击你。

虽然本关充满了人物和剧情的变化，但行动的路线是相同的。在到达自由岛后会收到Ava发来的地图，接下来寻找JC Denton研制的阿奎奈电脑程序，并将它上载到博士的超级电脑数据库中。在开始的广场收集补给并杀掉附近的敌兵，陆续会收到Saman、JC或Tracer Tong的来电。往前在自由女神像的基座找到一道门进入一个破坏的大厅，大厅的正中央就是存储程序的电脑，先不要摧毁它，清除掉附近的敌人再说。

在找到阿奎奈程序之后会收到刺杀其它派系首脑的任务，可根据你的立场选择杀掉另外派系的首领，他们会在自由岛的不同地点出现：ApostleCorp方面Tracer Tong在自由岛东部的北码头一间小屋里；教会的Saman也在自由岛的东部，码头外面的一座仓库建筑里；Illuminati方面的Chad Dumier和Nicolette DuClare则在自由岛西部南码头的简易房里。

最后在自由岛的西部找到UNATCO废墟，这里就是超级电脑的所在地，要注意游戏的隐藏场景也在这里面。在废墟的第一个房间找到一面插在地上的小旗，拨起来前往地下的居住区，在走廊尽头的一个房间找到只有一只马桶的卫生间，将手里的小旗插到那只马桶上即可来到隐藏场景。这里就是夜总会的场景，在本游戏中出场的主要人物都会在这盛大聚会中出现，或唱歌，或劲舞，或闲聊。巡游各处还会收集到一些日志，了解游戏开发和角色人物的背景情况。

在废墟的住宅区附近还会遇到Billie Adams，如果当初没有杀掉她，并且你选择教会的立场，这时她会帮助你消灭敌人，否则就会对你举起枪管。赶到控制室找到超级电脑，这时要按照任务要求分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。如选择帮助ApostleCorp，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如选择帮助Illuminati，他们希望将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。完成程序的上载后离开废墟，回到自由女神像基座的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束。