在前去环境控制系统的路上进入一个房间，发现Mordin的助手Daniel被几个Babarians劫持，他们认为Daniel是来释放病毒的。Shepard进入。此处可以开火可以说服。

进入环境控制室，发现原来是Vorcha受到Collectors的指令散播瘟疫的，开战。

一直往前走，在这里注射疫苗，然后分别开启两边的风扇，注意Vorcha的进攻。任务结束。

回到诊所，得知隔离区疫情正在好转，Vorcha也撤退了。Mordin答应加入Shepard，留下Daniel管理诊所。

现在Normandy上的Lab开启了，Shepard可以在那里升级武器配件、飞船等。

注意：有些不能升级的不是因为缺少资源，而是要先升级其他东西。

此时会受到Dr.Chakwas的邮件，说Shepard脸上的疤痕（不会有人没注意到吧。。。）有两种治疗方式：一是自己保持疗好的心态，就是一直做个好人啦，疤痕会慢慢消掉的；二是话一大笔资源给医务室买一种机器，可以直接治好。

下面的四个主线任务完成没有先后顺序，不必按照我的流程进行。

基本上每个主线任务结束后都可以和船员说说话，能了解不少他们的背景故事。

此时和队员说话，了解到：

Mordin以前是Salarians Special Task Force（特别行动小队）的成员，主要做一些侦察任务，研究Korgan的Genophage。

Jacob以前是Alliance军人，后来加入Cerberus。曾经和Miranda一起组织了一起Babarian预谋对议会投放有毒气体的事件。

Miranda的父亲是一个很有钱的商人，同时野心和私心也很大，他通过自己的基因“制造”了Miranda，Miranda是通过基因工程改造的各方面都完美的人。Miranda在自己有能力的时候就逃离了她的父亲，来到Cerberus。

雇佣Archangel

回到Omega，之前从Aria口中得知Archangel被三个佣兵组织追杀，最好的切入口是以Freelancer的身份加入围剿Archangel寻求机会。在Afterlife上层这里谈话加入。

被雇佣后，出去时会遇到一个孩子也想加入，如果选择劝他离开，结束后会收到他的感谢邮件。

到这里找一个Blue Suns Driver，他会送Shepard到目的地。

抵达目的地后得知Archangel占据着一个高地，唯一通往那里的路是一个非常暴露的桥，很多人都被他在那杀死。现在的进攻计划是由Freelancer在桥上吸引他的注意力，佣兵的渗透小队潜入他的藏身地。Shepard被告知先去向Sergeant Cathka报告