进化，是《精灵宝可梦》的一个核心系统。大多数宝可梦在进化之后会改变样子，变强，甚至还会改变属性和特性。而游戏中宝可梦的进化方式也是异常的多样：

等级进化

最常见的进化方式，只要宝可梦达到一定的等级之后就可以进化。不同的宝可梦进化等级各不相同，要求最低的绿毛虫只需要7级就可以进化;而双首暴龙则需要在64级才会进化成为三首恶龙。

道具进化

道具进化最常见的就是使用进化石。比如皮卡丘在正常情况下是不会进化的，只有对它使用雷之石才会进化成为雷丘，而伊布则需要使用火之石、雷之石、水之石才会分别进化成为火伊布、雷伊布、水伊布。

通信进化

部分宝可梦只会在两个玩家之间交换宝可梦时候进化，比如鬼斯通→耿鬼、勇吉拉→胡地、豪力→怪力。值得一提的是，有些需要通信进化的宝可梦还需要携带特定的道具，比如呆呆兽→呆呆王，就需要在通信的时候让呆呆兽携带王者之证才会进化。

亲密度进化

这也是比较常见进化方式。这部分宝可梦只有在和玩家的亲密度达到一定程度，然后在升级的时候才会进化。比如皮丘→皮卡丘。

其他进化

除了上面介绍的几种之外，还有很多其他进化方式，但这一类宝可梦的数量非常少。比如伊布→太阳/月亮，是根据进化时间决定的;笨笨鱼→美纳斯，是根据美丽度决定的;黏美儿→黏美龙，要在下雨时候才会进化。最奇怪的大概还要属好啦鱿→乌贼王，需要在升级时把 3DS 主机倒过来才会进化……