分子世界

就是要玩家製造传送装置到进入学院那边，有三个选择：铁路、义勇军、兄弟会

此时如果找铁路，会立刻与兄弟会永久敌对>这情报似乎是假的，希望有更多这边分歧的情报

进入学院后，拒绝与父亲大人合作，会立刻与学院永久敌对

答应加入学院后，此时四大阵营还不会互相翻脸

此时铁路的小帕姆会有可以无限接的狩猎追猎者任务

但如果与铁路以外阵营更进一步友好=解相关任务，小帕姆会拒绝与主角对话

狩猎追猎者的任务会无法缴交完成，也不算失败，除非玩家最后选铁路

玩家不喜欢任务名单上有无法清空的任务又不想选铁路就要注意这点

兄弟会

兄弟会底线是解完「盲目的背叛」与丹斯翻脸、主角继承丹斯圣骑士位置，可以用飞船房间

在那之前会先解一系列任务要玩家帮兄弟会组装自由天尊

「盲目的背叛」解完后如果同伴找丹斯，会与兄弟会敌对，直到玩家解散丹斯为止

「盲目的背叛」解完后，下个任务是「战术思考」

(注：如果之前的保母任务还没解完的话，这边强制先接战术思考敌对铁路才能缴交任务)

与枪骑队长谈话后永久与铁路敌对，会要衝进铁路HQ把铁路所有人给灭了

再下个任务是「大核融合厂」，要玩家上直升机

此时上直升机就会永久与学院敌对，上直升机前会有系统提示确认你要上直升机与学院敌对

另外，要解完「盲目的背叛」，丹斯的好感度才能达到最高

兄弟会路线最后剩下势力：兄弟会、义勇军

学院

一系列任务解完(含碉堡山战役，碉堡山战役虽然三方大战但解完后不会与任何阵营翻脸)

直到开完董事会、主角当上董事长，系统显示X6-88可以做为同伴加入为止

开董事会的任务是「人类-已重新定义」

下个任务「大核融合厂」会要玩家去刚进到学院的传送点，进去后会永久与兄弟会敌对

同样，进去传送点前，系统会提示玩家是否要永久与兄弟会敌对

此外，当选X6-88为同伴时，传送到铁路HQ，会立刻永久与铁路敌对

学院路线最后剩下势力：学院、义勇军

铁路

进入学院后有个任务是「地下卧底」，要玩家帮忙学院内部想逃脱的合成人

这任务可以解到帮忙杀合成人守卫都不会与学院敌对

但最后一个步骤要到学院解完一系列帮助启动核融合炉的任务(中途会与兄弟会永久敌对)

学院启动核融合炉的时候要开一场董事会

回铁路HQ，新的一系列任务与兄弟会全面开战，直到把兄弟会飞船炸掉为止

此时「地下卧底」任务才算完成，下个任务「核能选项」杀了学院传点护卫与学院永久敌对

铁路路线最后剩下势力：铁路、义勇军

义勇军

这个路线比较奇特，我没走过只是听说。会根据有没有与兄弟会敌对而有差异

另外，义勇军路线没有专属的最终分歧路线奖杯，只是要解奖杯/成就的话不需要特地走这线

1)「地下卧底」完成前，如果帮学院解「大核融合厂」前就杀了父亲大人与学院永久敌对

这时候「地下卧底」会失败，铁路会要玩家找义勇军求援

攻进学院装核弹，最后和黑人在大核融合厂顶层观看学院核爆秀

此义勇军路线最后剩下势力：铁路、义勇军、兄弟会

2)「地下卧底」完成前，如果帮学院解「大核融合厂」后杀了父亲大人与学院永久敌对

这时候「地下卧底」会失败，铁路会要玩家找义勇军求援

但会先依照黑人指示做足够数量的大抱把兄弟会飞船打下来

最后攻进学院装核弹，最后和黑人在大核融合厂顶层观看学院核爆秀

此义勇军路线最后剩下势力：铁路、义勇军

简单来说，各阵营冲突底线：

兄弟会：解完「盲目的背叛」，此时丹斯好感度可达最高、丹斯加入时会暂时与兄弟会敌对

下个任务「战术思考」不要解

学院：解完「人类-已重新定义」，此时X6-88可以做为同伴加入，但带去铁路HQ会永久敌对铁路

下个任务「大核融合厂」不要解

铁路：「地下卧底」可以放心解到只差最后一步

义勇军：可以把「旧枪」解完做大抱