佐佐木小次郎在剑豪?钟卷自斋之处，日日夜夜都过着修业的生活。钟卷自斋为能熟练一尺五村的小太刀，让身为练习对象的小次郎手持三尺多的大太刀与之对战。在这样陪着练习的日子里，不知不觉间小次郎成为大太刀的名手，并且成长到让连师傅都吓一跳的剑士。

而且，小次郎不但学习师傅的剑术，也渐渐得想要编出属于自己一套的剑法。游戏一开始，佐佐木小次郎就被钟卷自斋授予了钟卷流的印可和长达93公分的大太刀“物干竿”。来到长滨之町（任何京以外的町都可以），向村人打听附近有名的剑豪，被告知：

曾经为足利将军家做兵法指南役的吉冈宪法一门。现任师范兄?吉冈清十郎，而弟?传七郎听说更强。还有就是柳生新银流的柳生石舟斋，儿子柳生宗矩和孙子柳生利严；

一刀流的伊藤一刀斋及弟子小野忠明；

说完以上三家，浪人突然又说出“还有一人”的话语，佐佐木小次郎惊奇的同时，浪人说出了让他更为惊奇的话“正是在下”。

两人交谈中互报了姓名，得知这个浪人原来叫做宫本武藏，武藏离开后，小次郎决定先去京之町找到吉冈一门。到了京町向人打听吉冈道场的位置，路人以为小次郎要来踢馆，小次郎轻松的说：“这样的到场对在下来说，未免太容易了。”没料到这话却被路过的吉冈道场的师范代听到了，一番舌战之后，两人动起手来。区区师范代哪里是小次郎的对手，正当小次郎奚落战败的师范代时，吉冈传七郎出现了。本来以为又有一场大战，没想到传七郎却是为门下弟子的无礼而向小次郎道歉的，并邀请小次郎去道场休息。来到了到场，小次郎和传七郎按照在街道上的约定比试起来。毫无悬念的获胜，小次郎心中觉得传七郎不是自己的对手，传七郎告诉小次郎哥哥清十郎应该和小次郎势均力敌，于是小次郎准备见见清十郎。没想到过了不久却发现清十郎和宫本武藏比武失败，重伤不治身亡。悲愤的传七郎拜托小次郎帮自己当见证人，把挑战书交给武藏，小次郎自然答应下来。出町后进入别的町就碰到了武藏，把挑战书交给武藏之后就回到京町。

进入吉冈道场目睹武藏击溃吉冈一门，出去后决心打倒武藏，前往江户城寻找剑豪。来到江户城，得知德川家兵法指南役小野忠明实力很强，于是小次郎便上门挑战。由于兵法指南役禁止与其他流派比武，小次郎只好使用激将法逼忠明出手，小野忠明请小次郎保密交手一事后终于肯出手。击败了小野忠明，小野忠明认为小次郎的剑术太过混沌和锋利，真正强的剑术应该是「无我之剑」，小次郎认为败者之言不足听，答应保密交手一事后奚落了小野忠明一顿，扬长而去。之后就可以开始自己的修行了，所谓修行就是不停地砍人，一个比较讨巧的办法就是在酒场接助阵的工作，然后按照常规来打，一次就可以赢5场。连胜达到11场后，在任意的町会碰到流氓强抢物干竿的事件。小次郎因为武藏在旁观战，便用悟出的秘技「燕返」击败了对手，而同时和武藏下了战书，并自创「严流」。之后可以继续砍人，对以后的武藏战没有信心的可以在6月参加京举行的天览武会，有了好的装备就谁也不怕了。18连胜以后，在町中可以碰到细川忠兴，邀请小次郎入仕细川家，小次郎提出要担任家老，细川忠兴一口答应。

但当家老哪有这么简单，忠兴要求小次郎击败宫本武藏以证明自己的实力，而忠兴则帮两人物色好了决斗之地――舟岛。

前往赤间关之町，在宿屋恢复体力之后出町，和宫本的宿命决斗开始！

斩杀宫本武藏，获得秘技「二刀流」。

出现选项，在细川家仕官或者拒绝，同意的话成为细川的家老（14岁……），然后就没有什么剧情了。

拒绝的话，回到自宅，感到一阵茫然，突然发现有东西放在地板上，那是武藏给小次郎的包裹，里面还有一封信：

给佐佐木小次郎

如果，现在你正在看这封信，那就是说，我败给你了吧！那也没办法的……阁下的确是很强。但是，如果只是寻求最强，那并非剑之道。在下，试着将长久以来的修业之中所得到的教训，写成一本书……叫做五轮书。如果你不耻笑这是败家犬所写的戏言，希望你一定要读这本书……这对你也一定会有参考价值的。阁下，是我最害怕的敌手。而且，也是我最好的朋友，最好的师傅……希望你能透过这本书，好好磨练剑术，也更好好地磨练人生吧……

宫本武藏

出现选项继续游戏或观看小次郎的结局，继续下去也没什么剧情了，看结局吧。

小次郎周游列国，在晚年回到肥后国担任细川忠利的兵法指南役。获得熊本城外的道管，将武藏的五轮书传与后人。

宫本武藏和佐佐木小次郎，稀世的二人剑豪所编研出来的新时代流派，使得能在近代剑道史上留名的剑客辈出，创造一盛世……